Το 1958, το κοινοβουλευτικό σύστημα του Πακιστάν έληξε με την επιβολή του στρατιωτικού νόμου.Η δημόσια απογοήτευση με τη διαφθορά στην πολιτική γραφειοκρατία και τη διοίκηση οδήγησε στη στήριξη των ενεργειών του στρατηγού Ayub Khan.^[16] Η στρατιωτική κυβέρνηση ανέλαβε σημαντικές μεταρρυθμίσεις γης και επέβαλε το διάταγμα αποκλεισμού εκλεκτών οργάνων, απαγορεύοντας στον HS Suhrawardy από το δημόσιο αξίωμα.Ο Χαν εισήγαγε τη «Βασική Δημοκρατία», ένα νέο προεδρικό σύστημα όπου ένα εκλογικό σώμα 80.000 επέλεγε τον πρόεδρο και εξέδωσε το σύνταγμα του 1962.^[17] Το 1960, ο Ayub Khan κέρδισε τη λαϊκή υποστήριξη σε ένα εθνικό δημοψήφισμα, μεταβαίνοντας από μια στρατιωτική σε μια συνταγματική πολιτική κυβέρνηση.^[16]Οι σημαντικές εξελίξεις κατά τη διάρκεια της προεδρίας του Αγιούμπ Χαν περιελάμβαναν τη μετεγκατάσταση των υποδομών της πρωτεύουσας από το Καράτσι στο Ισλαμαμπάντ.Αυτή η εποχή, γνωστή ως «Μεγάλη Δεκαετία», γιορτάζεται για την οικονομική της ανάπτυξη και τις πολιτιστικές αλλαγές ^[18] , συμπεριλαμβανομένης της ανόδου της ποπ μουσικής, του κινηματογράφου και της δραματικής βιομηχανίας.Ο Αγιούμπ Καν ευθυγράμμισε το Πακιστάν με τις Ηνωμένες Πολιτείες και τον δυτικό κόσμο, προσχωρώντας στον Οργανισμό Κεντρικής Συνθήκης (CENTO) και στον Οργανισμό Συνθήκης της Νοτιοανατολικής Ασίας (SEATO).Ο ιδιωτικός τομέας μεγάλωσε και η χώρα έκανε βήματα στην εκπαίδευση, την ανθρώπινη ανάπτυξη και την επιστήμη, συμπεριλαμβανομένης της εκτόξευσης ενός διαστημικού προγράμματος και της συνέχισης του προγράμματος πυρηνικής ενέργειας.^[18]Ωστόσο, το περιστατικό με κατασκοπευτικό αεροπλάνο U2 το 1960 αποκάλυψε μυστικές επιχειρήσεις των ΗΠΑ από το Πακιστάν, θέτοντας σε κίνδυνο την εθνική ασφάλεια.Την ίδια χρονιά, το Πακιστάν υπέγραψε τη Συνθήκη των Υδάτων του Ινδού με την Ινδία για την εξομάλυνση των σχέσεων.^[19] Οι σχέσεις με την Κίνα ενισχύθηκαν, ιδιαίτερα μετά τον Σινο-Ινδικό Πόλεμο, οδηγώντας σε μια συμφωνία για τα όρια το 1963 που άλλαξε τη δυναμική του Ψυχρού Πολέμου .Το 1964, οι Πακιστανικές Ένοπλες Δυνάμεις κατέστειλαν μια ύποπτη φιλοκομμουνιστική εξέγερση στο Δυτικό Πακιστάν και το 1965, ο Αγιούμπ Καν κέρδισε οριακά τις αμφιλεγόμενες προεδρικές εκλογές εναντίον της Φατίμα Τζίνα.