Κατά τη διάρκεια της κατοχής, οι εθνοτικές εντάσεις αυξήθηκαν και ο εθνικισμός αυξήθηκε.^[82] Η Βρετανία χρεοκόπησε και η νέα κυβέρνηση των Εργατικών ήθελε να αποσύρει τις δυνάμεις της από την Ανατολή.Αλλά οι περισσότεροι Μαλαισιανοί ασχολούνταν περισσότερο με την άμυνα τους ενάντια στο MCP παρά με την απαίτηση ανεξαρτησίας από τους Βρετανούς.Το 1944, οι Βρετανοί κατάρτισαν σχέδια για μια Ένωση της Μαλαισίας, η οποία θα μετέτρεπε τα Ομόσπονδα και τα Ομόσπονδα Κράτη της Μαλαισίας, συν την Πενάνγκ και τη Μαλάκα (αλλά όχι τη Σιγκαπούρη ), σε μια ενιαία αποικία του Στέμματος, με σκοπό την ανεξαρτησία.Αυτή η κίνηση, με στόχο την τελική ανεξαρτησία, συνάντησε σημαντική αντίσταση από τους Μαλαισίους, κυρίως λόγω της προτεινόμενης ισότιμης υπηκοότητας για τους Κινέζους και άλλες μειονότητες.Οι Βρετανοί αντιλήφθηκαν αυτές τις ομάδες ως πιο πιστές κατά τη διάρκεια του πολέμου από τους Μαλαισιανούς.Αυτή η αντίθεση οδήγησε στη διάλυση της Μαλαισιανής Ένωσης το 1948, δίνοντας τη θέση της στην Ομοσπονδία της Μαλαισίας, η οποία διατήρησε την αυτονομία των ηγεμόνων του κράτους της Μαλαισίας υπό τη βρετανική προστασία.Παράλληλα με αυτές τις πολιτικές αλλαγές, το Κομμουνιστικό Κόμμα της Μαλαισίας (MCP), που υποστηρίχθηκε κυρίως από τους εθνοτικούς Κινέζους, κέρδιζε δυναμική.Το MCP, αρχικά ένα νόμιμο κόμμα, είχε στραφεί προς τον ανταρτοπόλεμο με φιλοδοξίες να εκδιώξει τους Βρετανούς από τη Μαλαισία.Μέχρι τον Ιούλιο του 1948, η βρετανική κυβέρνηση κήρυξε κατάσταση έκτακτης ανάγκης, ωθώντας το MCP να υποχωρήσει στη ζούγκλα και να σχηματίσει τον Απελευθερωτικό Στρατό των Λαών της Μαλαισίας.Οι βαθύτερες αιτίες αυτής της σύγκρουσης κυμαίνονταν από συνταγματικές αλλαγές που περιθωριοποίησαν τους εθνοτικούς Κινέζους έως τον εκτοπισμό των αγροτών για την ανάπτυξη φυτειών.Ωστόσο, το MCP συγκέντρωσε ελάχιστη υποστήριξη από τις παγκόσμιες κομμουνιστικές δυνάμεις.Η Έκτακτη Ανάγκη της Μαλαισίας, που διήρκεσε από το 1948 έως το 1960, είδε τους Βρετανούς να χρησιμοποιούν σύγχρονες τακτικές κατά της εξέγερσης, με εγκέφαλο του υποστράτηγου Sir Gerald Templer, ενάντια στο MCP.Ενώ η σύγκρουση είδε το μερίδιό της από φρικαλεότητες, όπως η σφαγή του Μπατάνγκ Κάλι, η βρετανική στρατηγική απομόνωσης του MCP από τη βάση υποστήριξής του, σε συνδυασμό με οικονομικές και πολιτικές παραχωρήσεις, αποδυνάμωσαν σταδιακά τους εξεγερμένους.Μέχρι τα μέσα της δεκαετίας του 1950, η παλίρροια είχε στραφεί εναντίον του MCP, θέτοντας τις βάσεις για την ανεξαρτησία της Ομοσπονδίας εντός της Κοινοπολιτείας στις 31 Αυγούστου 1957, με τον Tunku Abdul Rahman ως τον εναρκτήριο πρωθυπουργό της.