Η ολλανδική Malacca (1641–1825) ήταν η μεγαλύτερη περίοδος που η Malacca ήταν υπό ξένο έλεγχο.Οι Ολλανδοί κυβέρνησαν για σχεδόν 183 χρόνια με διαλείπουσα βρετανική κατοχή κατά τη διάρκεια των Ναπολεόντειων Πολέμων (1795–1815).Αυτή η εποχή είδε σχετική ειρήνη με μικρή σοβαρή διακοπή από τα σουλτανάτα της Μαλαισίας λόγω της συνεννόησης που σφυρηλατήθηκε μεταξύ των Ολλανδών και του σουλτανάτου του Johor το 1606. Αυτή η φορά σηματοδότησε επίσης την πτώση της σημασίας της Malacca.Οι Ολλανδοί προτιμούσαν τη Batavia (σημερινή Τζακάρτα) ως οικονομικό και διοικητικό τους κέντρο στην περιοχή και η κατοχή τους στη Μαλάκα ήταν να αποτρέψουν την απώλεια της πόλης από άλλες ευρωπαϊκές δυνάμεις και, στη συνέχεια, τον ανταγωνισμό που θα συνεπαγόταν.Έτσι, τον 17ο αιώνα, καθώς η Malacca έπαψε να είναι σημαντικό λιμάνι, το σουλτανάτο Johor έγινε η κυρίαρχη τοπική δύναμη στην περιοχή λόγω του ανοίγματος των λιμανιών του και της συμμαχίας με τους Ολλανδούς.