Το 538 π.Χ., ο Κύρος ο Μέγας της Αχαιμενιδικής Αυτοκρατορίας κατέλαβε τη Βαβυλώνα, ενσωματώνοντάς την στην αυτοκρατορία του.Η έκδοση μιας διακήρυξης, το Διάταγμα του Κύρου, παρείχε θρησκευτική ελευθερία σε όσους βρίσκονταν υπό την κυριαρχία της Βαβυλωνίας.Αυτό έδωσε τη δυνατότητα στους Εβραίους εξόριστους στη Βαβυλώνα, συμπεριλαμβανομένων 50.000 Ιουδαίων με επικεφαλής τον Ζερουβάβελ, να επιστρέψουν στον Ιούδα και να ανοικοδομήσουν τον Ναό της Ιερουσαλήμ, που ολοκληρώθηκε περίπου το 515 π.Χ.^[80] Επιπλέον, το 456 π.Χ., μια άλλη ομάδα 5.000, με επικεφαλής τον Έσδρα και τον Νεεμία, επέστρεψε.ο πρώτος ανατέθηκε από τον Πέρση βασιλιά να επιβάλει τους θρησκευτικούς κανόνες, ενώ ο δεύτερος διορίστηκε κυβερνήτης με αποστολή να αποκαταστήσει τα τείχη της πόλης.^[81] Ο Γιεχούντ, όπως ήταν γνωστή η περιοχή, παρέμεινε επαρχία των Αχαιμενιδών μέχρι το 332 π.Χ.Το τελικό κείμενο της Τορά, που αντιστοιχεί στα πρώτα πέντε βιβλία της Βίβλου, πιστεύεται ότι συντάχθηκε κατά την περσική περίοδο (περίπου 450–350 π.Χ.), μέσω της επεξεργασίας και της ενοποίησης προηγούμενων κειμένων.^[82] Οι Ισραηλίτες που επέστρεψαν υιοθέτησαν μια αραμαϊκή γραφή από τη Βαβυλώνα, τώρα τη σύγχρονη εβραϊκή γραφή, και το εβραϊκό ημερολόγιο, που μοιάζει με το βαβυλωνιακό ημερολόγιο, πιθανότατα χρονολογείται από αυτήν την περίοδο.^[83]Η Βίβλος αφηγείται την ένταση μεταξύ των παλιννοστούντων, της ελίτ της περιόδου του Πρώτου Ναού ^[84] , και εκείνων που έμειναν στον Ιούδα.^[85] Οι παλιννοστούντες, πιθανώς υποστηριζόμενοι από την περσική μοναρχία, θα μπορούσαν να είχαν γίνει σημαντικοί γαιοκτήμονες, εις βάρος εκείνων που συνέχιζαν να δουλεύουν τη γη στον Ιούδα.Η αντίθεσή τους στον Δεύτερο Ναό μπορεί να αντανακλά φόβους για απώλεια δικαιωμάτων γης λόγω αποκλεισμού από τη λατρεία.^[84] Ο Ιούδας έγινε ουσιαστικά θεοκρατία, με επικεφαλής τους κληρονομικούς Αρχιερείς ^[86] και έναν Πέρση διορισμένο, συχνά Εβραίο, κυβερνήτη υπεύθυνο για τη διατήρηση της τάξης και την εξασφάλιση των πληρωμών φόρου.^[87] Είναι σημαντικό ότι μια ιουδαϊκή στρατιωτική φρουρά τοποθετήθηκε από τους Πέρσες στο νησί Elephantine κοντά στο Aswan στηνΑίγυπτο .