Μεταξύ 1258 και 1291, η περιοχή αντιμετώπισε αναταραχή ως το σύνορο μεταξύ των Μογγόλων εισβολέων , που κατά καιρούς συμμάχησαν με τους Σταυροφόρους , και τωνΜαμελούκων τηςΑιγύπτου .Αυτή η σύγκρουση οδήγησε σε σημαντική μείωση του πληθυσμού και οικονομική δυσπραγία.Οι Μαμελούκοι ήταν κυρίως τουρκικής καταγωγής και αγοράστηκαν ως παιδιά και στη συνέχεια εκπαιδεύτηκαν στον πόλεμο.Ήταν πολύτιμοι πολεμιστές, που έδωσαν στους ηγεμόνες ανεξαρτησία από την γηγενή αριστοκρατία.Στην Αίγυπτο ανέλαβαν τον έλεγχο του βασιλείου μετά από μια αποτυχημένη εισβολή των Σταυροφόρων (Έβδομη Σταυροφορία).Οι Μαμελούκοι πήραν τον έλεγχο στην Αίγυπτο και επέκτειναν την κυριαρχία τους στην Παλαιστίνη.Ο πρώτος σουλτάνος ​​των Μαμελούκων, ο Κουτούζ, νίκησε τους Μογγόλους στη μάχη του Άιν Τζαλούτ, αλλά δολοφονήθηκε από τον Μπάιμπαρς, ο οποίος τον διαδέχθηκε και εξάλειψε τα περισσότερα φυλάκια των Σταυροφόρων.Οι Μαμελούκοι κυβέρνησαν την Παλαιστίνη μέχρι το 1516, θεωρώντας την ως μέρος της Συρίας.Στη Χεβρώνα, οι Εβραίοι αντιμετώπισαν περιορισμούς στο Σπήλαιο των Πατριαρχών, μια σημαντική τοποθεσία στον Ιουδαϊσμό, ένας περιορισμός που παρέμεινε μέχρι τον Πόλεμο των Έξι Ημερών.^[146]Ο Αλ-Ασράφ Χαλίλ, ένας σουλτάνος ​​των Μαμελούκων, κατέλαβε το τελευταίο οχυρό των Σταυροφόρων το 1291. Οι Μαμελούκοι, συνεχίζοντας τις πολιτικές των Αγιουμπιδών, κατέστρεψαν στρατηγικά παράκτιες περιοχές από την Τύρο έως τη Γάζα για να αποτρέψουν πιθανές επιθέσεις από τη θάλασσα των Σταυροφόρων.Αυτή η καταστροφή οδήγησε σε μακροχρόνια ερήμωση και οικονομική παρακμή σε αυτές τις περιοχές.^[147]Η εβραϊκή κοινότητα στην Παλαιστίνη είδε αναζωογόνηση με την εισροή Σεφαραδιτών Εβραίων μετά την εκδίωξή τους απότην Ισπανία το 1492 και τον διωγμό στην Πορτογαλία το 1497. Κάτω από την κυριαρχία των Μαμελούκων και αργότερα την Οθωμανική κυριαρχία, αυτοί οι Σεφαραδίτες Εβραίοι εγκαταστάθηκαν κυρίως σε αστικές περιοχές όπως το Σαφέντ και η Ιερουσαλήμ, σε αντίθεση με την Ιερουσαλήμ κυρίως αγροτική εβραϊκή κοινότητα Μουστααρμπί.^[148]