Οι Έλληνες της κλασικής περιόδου πίστευαν ότι, στη σκοτεινή εποχή που ακολούθησε την κατάρρευση του μυκηναϊκού πολιτισμού, σημαντικός αριθμός Ελλήνων διέφυγε και είχε μεταναστεύσει στη Μικρά Ασία και εγκαταστάθηκε εκεί.Οι άποικοι αυτοί προέρχονταν από τρεις φυλετικές ομάδες: τους Αιολείς, τους Δωριείς και τους Ίωνες.Οι Ίωνες είχαν εγκατασταθεί στις ακτές της Λυδίας και της Καρίας, ιδρύοντας τις δώδεκα πόλεις που αποτελούσαν την Ιωνία.Οι πόλεις της Ιωνίας παρέμειναν ανεξάρτητες μέχρι να κατακτηθούν από τους Λυδούς της δυτικής Μικράς Ασίας.Ο Πέρσης πρίγκιπας Κύρος ηγήθηκε μιας εξέγερσης κατά του τελευταίου βασιλιά της Μηδίας Αστυάγη το 553 π.Χ.Ενώ πολεμούσε τους Λυδούς, ο Κύρος είχε στείλει μηνύματα στους Ίωνες ζητώντας τους να επαναστατήσουν ενάντια στην κυριαρχία των Λυδών, κάτι που οι Ίωνες είχαν αρνηθεί να κάνουν.Αφού ο Κύρος ολοκλήρωσε την κατάκτηση της Λυδίας, οι ιωνικές πόλεις προσφέρθηκαν τώρα να γίνουν υποτελείς του με τους ίδιους όρους που υπήχθησαν στον Κροίσο.Ο Κύρος αρνήθηκε, επικαλούμενος την απροθυμία των Ιώνων να τον βοηθήσουν προηγουμένως.Οι Ίωνες προετοιμάστηκαν έτσι να αμυνθούν και ο Κύρος έστειλε τον Μηδικό στρατηγό Άρπαγο να τους κατακτήσει.Στα χρόνια που ακολούθησαν την κατάκτησή τους, οι Πέρσες δυσκολεύτηκαν να κυβερνήσουν τους Ίωνες.Έτσι, οι Πέρσες συμφώνησαν να υποστηρίξουν έναν τύραννο σε κάθε πόλη της Ιωνίας, παρόλο που αυτό τους παρέσυρε στις εσωτερικές συγκρούσεις των Ιώνων.Τις παραμονές των ελληνοπερσικών πολέμων, πιθανολογείται ότι ο ιωνικός πληθυσμός είχε δυσαρεστηθεί και ήταν έτοιμος για εξέγερση.