Στην Κύπρο είχαν επαναστατήσει όλα τα βασίλεια εκτός από αυτό της Αμαθούντας.Αρχηγός της κυπριακής εξέγερσης ήταν ο Ονήσιλος, αδελφός του βασιλιά της Σαλαμίνας Γοργού.Στη συνέχεια εγκαταστάθηκε για να πολιορκήσει την Αμαθούς.Το επόμενο έτος (497 π.Χ.), ο Ονήσιλος (πολιορκούσε ακόμα την Αμαθούς), άκουσε ότι μια περσική δύναμη υπό τον Αρτύβιο είχε σταλεί στην Κύπρο.Ο Ονήσιλος έστειλε έτσι αγγελιοφόρους στην Ιωνία, ζητώντας τους να στείλουν ενισχύσεις, πράγμα που έκαναν, «με μεγάλη δύναμη».Ένας περσικός στρατός έφτασε τελικά στην Κύπρο, υποστηριζόμενος από φοινικικό στόλο.Οι Ίωνες επέλεξαν να πολεμήσουν στη θάλασσα και νίκησαν τους Φοίνικες.Στην ταυτόχρονη χερσαία μάχη έξω από τη Σαλαμίνα, οι Κύπριοι απέκτησαν ένα αρχικό πλεονέκτημα, σκοτώνοντας τον Αρτύβιο.Ωστόσο, η αποστασία δύο στρατευμάτων στους Πέρσες ακρωτηρίασε την υπόθεση τους, κατατροπώθηκαν και ο Ονήσιλος σκοτώθηκε.Η εξέγερση στην Κύπρο κατεστάλη έτσι και οι Ίωνες έπλευσαν στην πατρίδα τους.Οι περσικές δυνάμεις στη Μικρά Ασία φαίνεται ότι αναδιοργανώθηκαν το 497 π.Χ., με τρεις από τους γαμπρούς του Δαρείου, τους Δαυρείς, τους Υμαίους και τους Οτάνες, να αναλαμβάνουν την ευθύνη τριών στρατών.Ο Ηρόδοτος προτείνει ότι αυτοί οι στρατηγοί μοίρασαν τα επαναστατημένα εδάφη μεταξύ τους και στη συνέχεια ξεκίνησαν να επιτεθούν στις αντίστοιχες περιοχές τους.Ο Δαυρής, που φαίνεται ότι είχε τον μεγαλύτερο στρατό, πήγε αρχικά τον στρατό του στον Ελλήσποντο.Εκεί, πολιόρκησε συστηματικά και πήρε τις πόλεις Δάρδανο, Άβυδο, Περκότη, Λάμψακο και Παίσο, καθεμία σε μια μέρα σύμφωνα με τον Ηρόδοτο.Ωστόσο, όταν άκουσε ότι οι Κάρες επαναστατούσαν, κίνησε τον στρατό του προς τα νότια για να προσπαθήσει να συντρίψει αυτή τη νέα εξέγερση.Αυτό τοποθετεί το χρονοδιάγραμμα της εξέγερσης της Καρίας στις αρχές του 497 π.Χ.Οι Υμαίοι πήγαν στην Προποντίδα και κατέλαβαν την πόλη Κίου.Αφού ο Δαυρής κίνησε τις δυνάμεις του προς την Καρία, οι Υμαίοι βάδισαν προς τον Ελλήσποντο και κατέλαβαν πολλές από τις αιολικές πόλεις καθώς και μερικές από τις πόλεις της Τρωάδας.Ωστόσο, στη συνέχεια αρρώστησε και πέθανε, τερματίζοντας την εκστρατεία του.Εν τω μεταξύ, ο Οτάνης, μαζί με τον Αρταφέρνη, εκστράτευσαν στην Ιωνία (βλ. παρακάτω).