Στη συνέχεια ο ελληνικός στόλος κατέπλευσε στο Βυζάντιο, το οποίο πολιόρκησε και τελικά κατέλαβε.Ο έλεγχος τόσο του Σέστου όσο και του Βυζαντίου έδωσε στους συμμάχους τη διοίκηση των στενών μεταξύ Ευρώπης και Ασίας (από τα οποία είχαν περάσει οι Πέρσες ) και τους επέτρεψε την πρόσβαση στο εμπορικό εμπόριο της Μαύρης Θάλασσας.Οι συνέπειες της πολιορκίας έμελλε να αποδειχθούν ενοχλητικές για τον Παυσανία.Το τι ακριβώς συνέβη είναι ασαφές.Ο Θουκυδίδης δίνει ελάχιστες λεπτομέρειες, αν και οι μεταγενέστεροι συγγραφείς πρόσθεσαν άφθονα τραγελαφικά υπονοούμενα.Μέσω της αλαζονείας και των αυθαίρετων ενεργειών του (ο Θουκυδίδης λέει «βία»), ο Παυσανίας κατάφερε να αποξενώσει πολλά από τα συμμαχικά σώματα, ιδιαίτερα αυτά που μόλις είχαν απελευθερωθεί από την περσική κυριαρχία.Οι Ίωνες και άλλοι ζήτησαν από τους Αθηναίους να αναλάβουν την ηγεσία της εκστρατείας, στην οποία συμφώνησαν.Οι Σπαρτιάτες, ακούγοντας τη συμπεριφορά του, ανακάλεσαν τον Παυσανία και τον δίκασαν με την κατηγορία της συνεργασίας με τον εχθρό.Αν και αθωώθηκε, η φήμη του αμαυρώθηκε και δεν αποκαταστάθηκε στα χέρια του.