Με την ήττα του στόλου του Ιονίου στη μάχη του Λάδη, η εξέγερση ουσιαστικά τελείωσε.Η Μίλητος ήταν πολύ επενδυμένη, οι Πέρσες «εξόρυξαν τα τείχη και χρησιμοποιούσαν κάθε συσκευή εναντίον της, μέχρις ότου την κατέλαβαν τελείως».Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο, οι περισσότεροι άνδρες σκοτώθηκαν και τα γυναικόπαιδα σκλαβώθηκαν.Τα αρχαιολογικά στοιχεία το τεκμηριώνουν εν μέρει, δείχνοντας εκτεταμένα σημάδια καταστροφής και εγκατάλειψης μεγάλου μέρους της πόλης στον απόηχο του Lade.Ωστόσο, ορισμένοι Μιλήσιοι παρέμειναν (ή επέστρεψαν γρήγορα) στη Μίλητο, αν και η πόλη δεν θα ανακτούσε ποτέ το παλιό της μεγαλείο.Η Μίλητος έτσι πλασματικά «έμεινε άδεια από Μιλήσιους».οι Πέρσες πήραν την πόλη και την παράκτια γη για τους εαυτούς τους, και έδωσαν την υπόλοιπη μιλησιακή επικράτεια στους Κάρες από τον Πήδασο.Οι αιχμάλωτοι Μιλήσιοι οδηγήθηκαν ενώπιον του Δαρείου στα Σούσα, ο οποίος τους εγκατέστησε στο «Ampé» στην ακτή του Περσικού Κόλπου, κοντά στις εκβολές του Τίγρη.Πολλοί Σαμιώτες τρόμαξαν από τις ενέργειες των στρατηγών τους στη Λάδη και αποφάσισαν να μεταναστεύσουν πριν επιστρέψει ο παλιός τους τύραννος, ο Αίας της Σάμου, για να τους κυβερνήσει.Δέχθηκαν πρόσκληση από τους κατοίκους του Zancle να εγκατασταθούν στις ακτές της Σικελίας και πήραν μαζί τους τους Μιλήσιους που είχαν καταφέρει να ξεφύγουν από τους Πέρσες.Η ίδια η Σάμος γλίτωσε από την καταστροφή από τους Πέρσες λόγω της αποστάσεως των Σαμίων στη Λάδη.Το μεγαλύτερο μέρος της Καρίας τώρα παραδόθηκε στους Πέρσες, αν και ορισμένα οχυρά έπρεπε να καταληφθούν με βία.