Ο Πρόεδρος Λίνκολν ήταν απογοητευμένος από την απόδοση του ΜακΚλέλαν.Πίστευε ότι οι υπερβολικά προσεκτικές και κακώς συντονισμένες ενέργειες του McClellan στο πεδίο είχαν αναγκάσει τη μάχη σε ισοπαλία και όχι σε ακρωτηριαστική ήττα της Συνομοσπονδίας.Ο πρόεδρος ήταν ακόμη πιο έκπληκτος που από τις 17 Σεπτεμβρίου έως τις 26 Οκτωβρίου, παρά τις επανειλημμένες εκκλήσεις του Υπουργείου Πολέμου και του ίδιου του προέδρου, ο McClellan αρνήθηκε να καταδιώξει τον Lee πέρα ​​από το Potomac, επικαλούμενος ελλείψεις εξοπλισμού και φόβο υπερβολικής επέκτασης των δυνάμεών του.Ο στρατηγός Henry W. Halleck έγραψε στην επίσημη έκθεσή του: «Η μακρά αδράνεια ενός τόσο μεγάλου στρατού απέναντι σε έναν ηττημένο εχθρό και κατά τη διάρκεια της πιο ευνοϊκής εποχής για γρήγορες κινήσεις και δυναμική εκστρατεία, ήταν θέμα μεγάλη απογοήτευση και λύπη».Ο Λίνκολν απάλλαξε τον ΜακΚλέλαν από τη διοίκηση του Στρατού των Ποτομάκ στις 5 Νοεμβρίου, τερματίζοντας ουσιαστικά τη στρατιωτική σταδιοδρομία του στρατηγού.Αντικαταστάθηκε στις 9 Νοεμβρίου από τον στρατηγό Μπέρνσαϊντ.Τα αποτελέσματα του Antietam επέτρεψαν επίσης στον Πρόεδρο Λίνκολν να εκδώσει την προκαταρκτική Διακήρυξη Χειραφέτησης στις 22 Σεπτεμβρίου, η οποία έδωσε στις Συνομοσπονδιακές Πολιτείες μέχρι την 1η Ιανουαρίου 1863, να τερματίσουν την εξέγερσή τους ή αλλιώς να χάσουν τους σκλάβους τους.Αν και ο Λίνκολν είχε σκοπό να το κάνει νωρίτερα, ο υπουργός Εξωτερικών William H. Seward, σε μια συνεδρίαση του υπουργικού συμβουλίου, τον συμβούλεψε να περιμένει έως ότου η Ένωση κερδίσει μια σημαντική νίκη, ώστε να αποφύγει την αντίληψη ότι εκδόθηκε από απόγνωση.Η νίκη της Ένωσης και η διακήρυξη του Λίνκολν έπαιξαν σημαντικό ρόλο στην αποτροπή των κυβερνήσεων της Γαλλίας και της Βρετανίας από την αναγνώριση της Συνομοσπονδίας.ορισμένοι υποψιάζονταν ότι σχεδίαζαν να το κάνουν μετά από μια άλλη ήττα της Ένωσης.Όταν η χειραφέτηση συνδέθηκε με την πρόοδο του πολέμου, καμία κυβέρνηση δεν είχε την πολιτική βούληση να αντιταχθεί στις Ηνωμένες Πολιτείες, αφού συνέδεσε την υποστήριξη της Συνομοσπονδίας με την υποστήριξη της δουλείας.Και οι δύο χώρες είχαν ήδη καταργήσει τη δουλεία και το κοινό δεν θα είχε ανεχτεί την κυβέρνηση να υποστηρίζει στρατιωτικά μια κυριαρχία που υποστηρίζει τα ιδανικά της δουλείας.