Die Griechen hielten bis 1460 auf dem Peloponnes durch, und die Venezianer und Genuesen hielten an einigen Inseln fest, doch zu Beginn des 16. Jahrhunderts waren das gesamte griechische Festland und die meisten Inseln der Ägäis vom Osmanischen Reich kolonisiert, mit Ausnahme einiger Hafenstädte von den Venezianern gehalten (Nafplio, Monemvasia, Parga und Methone, die wichtigsten von ihnen).Die Kykladeninseln mitten in der Ägäis wurden 1579 offiziell von den Osmanen annektiert, standen jedoch seit den 1530er Jahren unter Vasallenstatus.Zypern fiel 1571 und die Venezianer behielten Kreta bis 1669. Die Ionischen Inseln wurden mit Ausnahme von Kefalonia (von 1479 bis 1481 und von 1485 bis 1500) nie von den Osmanen regiert und blieben unter der Herrschaft der Republik Venedig .Auf den Ionischen Inseln entstand mit der Gründung der Republik der Sieben Inseln im Jahr 1800 die moderne griechische Staatlichkeit.Das osmanische Griechenland war eine multiethnische Gesellschaft.Allerdings gilt die moderne westliche Vorstellung von Multikulturalismus, obwohl sie auf den ersten Blick dem Millets-System zu entsprechen scheint, als unvereinbar mit dem osmanischen System.Den Griechen wurden einerseits einige Privilegien und Freiheiten gewährt;andererseits waren sie einer Tyrannei ausgesetzt, die aus den Fehlverhalten ihres Verwaltungspersonals resultierte, über das die Zentralregierung nur entfernte und unvollständige Kontrolle hatte.Als die Osmanen ankamen, kam es zu zwei griechischen Migrationen.Die erste Migration führte dazu, dass die griechische Intelligenz nach Westeuropa auswanderte und das Aufkommen der Renaissance beeinflusste.Die zweite Migration führte dazu, dass die Griechen die Ebenen der griechischen Halbinsel verließen und sich in den Bergen niederließen.Das Hirsesystem trug zum ethnischen Zusammenhalt der orthodoxen Griechen bei, indem es die verschiedenen Völker im Osmanischen Reich aufgrund ihrer Religion trennte.Die während der osmanischen Herrschaft in den Ebenen lebenden Griechen waren entweder Christen, die mit den Lasten der Fremdherrschaft zu kämpfen hatten, oder Krypto-Christen (griechische Muslime, die heimlich den griechisch-orthodoxen Glauben praktizierten).Einige Griechen wurden Krypto-Christen, um hohe Steuern zu vermeiden und gleichzeitig ihre Identität durch die Aufrechterhaltung ihrer Bindungen zur griechisch-orthodoxen Kirche zum Ausdruck zu bringen.Allerdings galten Griechen, die zum Islam konvertierten und keine Krypto-Christen waren, in den Augen der orthodoxen Griechen als „Türken“ (Muslime), auch wenn sie die türkische Sprache nicht annahmen.Die Osmanen beherrschten den größten Teil Griechenlands bis zum Beginn des 19. Jahrhunderts.Der erste selbstverwaltete griechische Staat seit dem Mittelalter wurde während der Französischen Revolutionskriege im Jahr 1800 gegründet, 21 Jahre vor dem Ausbruch der griechischen Revolution auf dem griechischen Festland.Es war die Septinsuläre Republik mit Korfu als Hauptstadt.