Die Kennedy-Regierung suchte nach der Invasion in der Schweinebucht weiterhin nach Möglichkeiten, Castro zu stürzen, und experimentierte mit verschiedenen Methoden, um den Sturz der kubanischen Regierung verdeckt zu erleichtern.Große Hoffnungen wurden auf das 1961 unter der Kennedy-Regierung ausgearbeitete Programm für Terroranschläge und andere Destabilisierungsoperationen namens Operation Mongoose gesetzt. Chruschtschow erfuhr von dem Projekt im Februar 1962, und als Reaktion darauf wurden Vorbereitungen für die Installation sowjetischer Atomraketen in Kuba getroffen.Alarmiert dachte Kennedy über verschiedene Reaktionen nach.Auf die Installation von Atomraketen in Kuba reagierte er schließlich mit einer Seeblockade und stellte der Sowjetunion ein Ultimatum.Chruschtschow zog sich von einer Konfrontation zurück und die Sowjetunion entfernte die Raketen im Gegenzug für eine öffentliche amerikanische Zusage, nicht erneut in Kuba einzumarschieren, sowie für einen verdeckten Deal zum Abzug der US-Raketen aus der Türkei.Castro gab später zu: „Ich hätte dem Einsatz von Atomwaffen zugestimmt. ... Wir gingen davon aus, dass es sowieso zu einem Atomkrieg werden würde und dass wir verschwinden würden.“Die Kubakrise (Oktober–November 1962) brachte die Welt einem Atomkrieg näher als je zuvor.Die Nachwirkungen der Krise führten zu ersten Versuchen im nuklearen Wettrüsten zur nuklearen Abrüstung und zur Verbesserung der Beziehungen, obwohl das erste Rüstungskontrollabkommen des Kalten Krieges, der Antarktisvertrag, bereits 1961 in Kraft getreten war.1964 gelang es Chruschtschows Kremlkollegen, ihn zu verdrängen, ihm aber einen friedlichen Ruhestand zu ermöglichen.John Lewis Gaddis, der Unhöflichkeit und Inkompetenz vorgeworfen wird, argumentiert, dass Chruschtschow auch dafür verantwortlich gemacht wurde, die sowjetische Landwirtschaft ruiniert zu haben, was die Welt an den Rand eines Atomkrieges gebracht hat, und dass Chruschtschow zu einer „internationalen Peinlichkeit“ geworden sei, als er den Bau der Berliner Mauer genehmigte.