Präsident Lincoln war von McClellans Leistung enttäuscht.Er glaubte, dass McClellans übervorsichtiges und schlecht koordiniertes Vorgehen vor Ort den Kampf eher zu einem Unentschieden als zu einer lähmenden Niederlage der Konföderierten geführt hatte.Der Präsident war noch mehr erstaunt darüber, dass McClellan vom 17. September bis zum 26. Oktober trotz wiederholter Bitten des Kriegsministeriums und des Präsidenten selbst es ablehnte, Lee über den Potomac zu verfolgen, mit der Begründung, dass es an Ausrüstung mangelte und er befürchtete, seine Streitkräfte zu überfordern.General-in-Chief Henry W. Halleck schrieb in seinem offiziellen Bericht: „Die lange Inaktivität einer so großen Armee angesichts eines besiegten Feindes und während der günstigsten Jahreszeit für schnelle Bewegungen und einen energischen Feldzug war eine Frage von große Enttäuschung und Bedauern.“Lincoln entließ McClellan am 5. November von seinem Kommando über die Potomac-Armee und beendete damit effektiv die Militärkarriere des Generals.Er wurde am 9. November durch General Burnside ersetzt.Die Ergebnisse von Antietam ermöglichten es Präsident Lincoln auch, am 22. September die vorläufige Emanzipationsproklamation zu erlassen, die den Konföderierten Staaten bis zum 1. Januar 1863 Zeit gab, ihre Rebellion zu beenden oder andernfalls ihre Sklaven zu verlieren.Obwohl Lincoln dies schon früher beabsichtigt hatte, riet ihm Außenminister William H. Seward bei einer Kabinettssitzung, zu warten, bis die Union einen bedeutenden Sieg errungen habe, um den Eindruck zu vermeiden, dass er aus Verzweiflung herausgegeben worden sei.Der Sieg der Union und Lincolns Proklamation spielten eine erhebliche Rolle dabei, die Regierungen Frankreichs und Großbritanniens davon abzubringen, die Konföderation anzuerkennen.Einige vermuteten, dass sie dies nach einer weiteren Niederlage der Union planten.Als die Emanzipation an den Fortgang des Krieges geknüpft war, hatte keine der Regierungen den politischen Willen, sich den Vereinigten Staaten zu widersetzen, da sie die Unterstützung der Konföderation mit der Unterstützung der Sklaverei verknüpfte.Beide Länder hatten die Sklaverei bereits abgeschafft, und die Öffentlichkeit hätte es nicht toleriert, dass die Regierung eine Souveränität, die die Ideale der Sklaverei hochhält, militärisch unterstützt.