Ved den barnløse Feodors død den 7. januar 1598, såvel som det rygtede mord på Feodors meget yngre bror Dimitry, førte Boris til magten.Hans valg blev foreslået af patriark Job i Moskva, som mente, at Boris var den ene mand, der var i stand til at klare vanskelighederne i situationen.Boris ville dog kun acceptere tronen fra Zemsky Sobor (nationalforsamlingen), som mødtes den 17. februar og enstemmigt valgte ham den 21. februar.Den 1. september blev han højtideligt kronet som zar.Han anerkendte behovet for, at Rusland skulle indhente Vestens intellektuelle fremskridt og gjorde sit bedste for at gennemføre uddannelsesmæssige og sociale reformer.Han var den første zar, der importerede udenlandske lærere i stor skala, den første, der sendte unge russere til udlandet for at blive uddannet, og den første, der tillod, at lutherske kirker blev bygget i Rusland.