I 1489 begyndte de kristne styrker en smerteligt lang belejring af Baza, den vigtigste højborg, der var tilbage for al-Zagal.Baza var yderst forsvarligt, da det krævede, at de kristne splittede deres hære, og artilleri var til ringe nytte imod det.Forsyning til hæren forårsagede et enormt budgetunderskud for castilianerne.Lejlighedsvise trusler om fratagelse af embedet var nødvendige for at holde hæren i felten, og Isabella kom personligt til belejringen for at hjælpe med at opretholde moralen hos både de adelige og soldaterne.Efter seks måneder overgav al-Zagal sig, på trods af at hans garnison stadig var stort set uskadt;han var blevet overbevist om, at de kristne mente alvor med at fastholde belejringen, så længe det ville tage, og yderligere modstand var nytteløs uden håbet om lindring, som der ikke var tegn på.Baza fik generøse overgivelsesbetingelser, i modsætning til Málaga.