Efter Inka-imperiets fald blev mange aspekter af inkakulturen systematisk ødelagt, inklusive deres sofistikerede landbrugssystem, kendt som den vertikale øgruppemodel for landbrug.Spanske koloniale embedsmænd brugte Inca mita corvée-arbejdssystemet til koloniale formål, nogle gange brutalt.Et medlem af hver familie blev tvunget til at arbejde i guld- og sølvminerne, hvoraf den forreste var den titaniske sølvmine ved Potosí.Når et familiemedlem døde, hvilket normalt ville ske inden for et år eller to, blev familien forpligtet til at sende en afløser.Effekterne af kopper på Inkariget var endnu mere ødelæggende.Begyndende i Colombia spredte kopper sig hurtigt, før de spanske angribere først ankom til imperiet.Spredningen blev sandsynligvis hjulpet af det effektive Inka-vejsystem.Kopper var kun den første epidemi.Andre sygdomme, herunder et sandsynligt Tyfus-udbrud i 1546, influenza og kopper sammen i 1558, kopper igen i 1589, difteri i 1614 og mæslinger i 1618, hærgede alle inkafolket.Der ville være periodiske forsøg fra indfødte ledere på at fordrive de spanske kolonister og genskabe Inkariget indtil slutningen af ​​det 18. århundrede.