I begyndelsen af ​​det 21. århundrede stod Singapore over for flere betydelige udfordringer, især SARS-udbruddet i 2003 og den stigende trussel om terrorisme.I 2001 blev et alarmerende plot rettet mod ambassader og nøgleinfrastruktur forpurret, hvilket førte til anholdelse af 15 medlemmer af Jemaah Islamiyah.Denne hændelse ansporede til indførelse af omfattende terrorbekæmpelsesforanstaltninger rettet mod opdagelse, forebyggelse og skadesbegrænsning.Samtidig forblev landets økonomi relativt stabil, med den gennemsnitlige månedlige husstandsindkomst i 2003 rapporteret til SGD$4.870.I 2004 overtog Lee Hsien Loong, Lee Kuan Yews ældste søn, stillingen som Singapores tredje premierminister.Under hans ledelse blev adskillige transformative nationale politikker foreslået og implementeret.Især blev varigheden af ​​National Service-uddannelsen forkortet fra to et halvt år til to i 2005. Regeringen iværksatte også et program for at reducere bureaukrati, der aktivt søgte borgerfeedback om en række spørgsmål, fra juridiske rammer til samfundsmæssige bekymringer.Folketingsvalget i 2006 markerede et væsentligt vendepunkt i Singapores politiske landskab, primært på grund af den hidtil usete indflydelse fra internettet og blogging, som forblev ureguleret af regeringen.I et strategisk træk lige før valget uddelte regeringen en "fremskridtspakke" kontantbonus til alle voksne borgere på i alt 2,6 milliarder SGD.På trods af stor deltagelse ved oppositionsmøder beholdt det regerende People's Action Party (PAP) sin højborg, sikrede 82 af de 84 pladser og opnåede 66% af stemmerne.Singapores forhold til Malaysia efter uafhængigheden har været indviklet, ofte præget af uenigheder, men alligevel understreget af gensidig tillid.Som medlemmer af ASEAN anerkender begge nationer deres fælles regionale interesser.Denne indbyrdes afhængighed fremhæves yderligere af Singapores afhængighed af Malaysia for en betydelig del af sin vandforsyning.Mens begge lande lejlighedsvis har engageret sig i verbal sparring på grund af deres divergerende baner efter uafhængighed, har de heldigvis styret uden om alvorlige konflikter eller fjendtligheder.