I 1965 foreslog Malaysias premierminister Tunku Abdul Rahman udvisning af Singapore fra Malaysia , da han stod over for eskalerende spændinger og for at forhindre yderligere konflikt.Denne anbefaling blev efterfølgende godkendt af det malaysiske parlament den 9. august 1965, med en enstemmig stemme for Singapores adskillelse.Samme dag annoncerede en følelsesladet Lee Kuan Yew, Singapores premierminister, bystatens nyfundne uafhængighed.I modsætning til den populære tro på, at Singapore ensidigt blev udvist, afslører nyere dokumenter, at diskussioner mellem People's Action Party (PAP) i Singapore og Malaysias Alliance havde været i gang siden juli 1964. Lee Kuan Yew og Goh Keng Swee, en højtstående PAP-leder, orkestrerede adskillelsen på en måde, der præsenterede den som en uigenkaldelig beslutning for offentligheden, med det formål at gavne både politisk og økonomisk.^[16]Efter adskillelsen gennemgik Singapore forfatningsændringer, som overførte bystaten til Republikken Singapore.Yusof Ishak, tidligere Yang di-Pertuan Negara eller vice-regal repræsentant, blev indsat som Singapores første præsident.Mens Malaya og den britiske Borneo-dollar fortsatte som den lovlige valuta i en kort periode, blev der ført diskussioner om en delt valuta mellem Singapore og Malaysia før den endelige introduktion af Singapore-dollaren i 1967. ^[17] I Malaysia havde de parlamentariske pladser tidligere. af Singapore blev omfordelt til Malaya, hvilket ændrede magtbalancen og indflydelsen i staterne Sabah og Sarawak.Beslutningen om at adskille Singapore fra Malaysia blev mødt med stærke reaktioner, især fra ledere i Sabah og Sarawak.Disse ledere udtrykte følelser af forræderi og frustration over ikke at blive hørt under adskillelsesprocessen. Sjefminister for Sabah, Fuad Stephens, udtrykte dyb sorg i et brev til Lee Kuan Yew, mens ledere som Ong Kee Hui fra Sarawak United Peoples' Party spurgte selve begrundelsen for Malaysias eksistens efter adskillelsen.På trods af disse bekymringer forsvarede den malaysiske vicepremierminister Abdul Razak Hussein beslutningen og tilskrev den igangværende Indonesien-Malaysia-konfrontation hemmeligholdelsen og det hastende med flytningen.^[18]