Pervez Musharrafs præsidentskab fra 1999 til 2007 markerede første gang, at liberale kræfter havde betydelig magt i Pakistan.Initiativer til økonomisk liberalisering, privatisering og mediefrihed blev introduceret, hvor Citibank-direktør Shaukat Aziz tog kontrol over økonomien.Musharrafs regering gav amnesti til politiske arbejdere fra liberale partier, der satte konservative og venstreorienterede til side.Musharraf udvidede private medier betydeligt med det formål at imødegå Indiens kulturelle indflydelse.Højesteret beordrede folketingsvalg inden oktober 2002, og Musharraf godkendte den amerikanske invasion af Afghanistan i 2001. Spændingerne med Indien om Kashmir førte til en militær standoff i 2002.Musharrafs folkeafstemning i 2002, der blev anset for kontroversiel, forlængede hans præsidentperiode.Ved parlamentsvalget i 2002 vandt liberale og centrister et flertal og dannede en regering med Musharrafs opbakning.Den 17. ændring af Pakistans forfatning legitimerede med tilbagevirkende kraft Musharrafs handlinger og forlængede hans præsidentperiode.Shaukat Aziz blev premierminister i 2004, med fokus på økonomisk vækst, men mødte modstand for sociale reformer.Musharraf og Aziz overlevede adskillige mordforsøg i forbindelse med al-Qaeda.Internationalt plettede påstande om atomspredning deres troværdighed.Indenlandske udfordringer omfattede konflikter i stammeområder og en våbenhvile med Taleban i 2006, selvom sekterisk vold fortsatte.