I 1999 oplevede Pakistan et blodløst militærkup ledet af general Pervez Musharraf og militærstaben ved Joint Staff HQ.Den 12. oktober overtog de kontrollen fra premierminister Nawaz Sharifs civile regering.To dage senere suspenderede Musharraf, som administrerende direktør, kontroversielt Pakistans forfatning.Kuppet var drevet af eskalerende spændinger mellem Sharifs administration og militæret, især med general Musharraf.Sharifs forsøg på at erstatte Musharraf med generalløjtnant Ziauddin Butt som hærchef blev mødt med modstand fra højtstående militærembedsmænd og førte til Butts tilbageholdelse.Kuppets henrettelse var hurtig.Inden for 17 timer havde militære chefer beslaglagt centrale regeringsinstitutioner, og sat Sharif og hans administration, inklusive hans bror, i husarrest.Militæret tog også kontrol over kritisk kommunikationsinfrastruktur.Pakistans højesteret, ledet af overdommer Irshad Hassan Khan, validerede krigsloven under en "nødvendighedsdoktrin", men begrænsede dens varighed til tre år.Sharif blev retsforfulgt og dømt for at bringe liv i fare ombord på et fly med Musharraf, en beslutning, der udløste kontrovers.I december 2000 benådede Musharraf uventet Sharif, som derefter fløj til Saudi-Arabien.I 2001 blev Musharraf præsident efter at have tvunget præsident Rafiq Tarar til at træde tilbage.En national folkeafstemning i april 2002, kritiseret som svig af mange, udvidede Musharrafs styre.Ved parlamentsvalget i 2002 vendte tilbage til demokratiet, hvor Musharrafs PML(Q) dannede en mindretalsregering.