Perioden op til Ayub Khans erklæring om krigsret i Pakistan var præget af politisk ustabilitet og sekterisk politik.Regeringen, der blev opfattet som svigtende i sin regeringsførelse, stod over for problemer som uløste kanalvandsstridigheder, der påvirker den landbrugsafhængige økonomi, og udfordringer med at håndtere den indiske tilstedeværelse i Jammu og Kashmir.I 1956 overgik Pakistan fra et britisk herredømme til en islamisk republik med en ny forfatning, og generalmajor Iskander Mirza blev den første præsident.Imidlertid oplevede denne periode betydelig politisk uro og en hurtig rækkefølge af fire premierministre inden for to år, hvilket yderligere agiterede befolkningen og militæret.Mirzas kontroversielle brug af magt, især hans One Unit-plan, der fusionerede Pakistans provinser i to fløje, Øst- og Vestpakistan, var politisk splittende og vanskelig at implementere.Denne uro og Mirzas handlinger førte til en tro i militæret på, at et kup ville blive støttet af offentligheden, hvilket banede vejen for Ayub Khan til at overtage kontrollen.Den 7. oktober erklærede præsident Mirza krigslov, ophævede 1956-forfatningen, afskedigede regeringen, opløste lovgivende organer og forbød politiske partier.Han udnævnte general Ayub Khan til Chief Martial Law Administrator og foreslog ham som ny premierminister.Både Mirza og Ayub Khan betragtede hinanden som konkurrenter om magten.Mirza, der følte, at hans rolle var ved at blive overflødig, efter at Ayub Khan havde overtaget størstedelen af ​​den udøvende myndighed som den øverste krigslovsadministrator og premierminister, forsøgte at hævde sin position.Omvendt mistænkte Ayub Khan Mirza for at planlægge mod ham.Efter sigende blev Ayub Khan informeret om Mirzas hensigt om at arrestere ham ved hans tilbagevenden fra Dhaka.I sidste ende er det en almindelig opfattelse, at Ayub Khan med støtte fra loyale generaler tvang Mirza til at træde tilbage.^[14] Efter dette blev Mirza oprindeligt ført til Quetta, Baluchistans hovedstad, og derefter forvist til London, England, den 27. november, hvor han boede indtil sin bortgang i 1969.Militærkuppet blev oprindeligt hilst velkommen i Pakistan som et pusterum fra ustabil regeringsførelse, med håb om økonomisk stabilisering og politisk modernisering.Ayub Khans regime modtog støtte fra udenlandske regeringer, herunder USA .^[15] Han kombinerede rollerne som præsident og premierminister og dannede et kabinet af teknokrater, militærofficerer og diplomater.Ayub Khan udnævnte general Muhammad Musa til den nye hærchef og sikrede sig retlig validering for hans magtovertagelse under "Nødvendighedsdoktrinen".