I 1990'erne fortsatte Myanmars militærregime med at udøve kontrol på trods af, at National League for Democracy (NLD) vandt flerpartivalg i 1990. NLD-lederne Tin Oo og Aung San Suu Kyi blev holdt i husarrest, og militæret stod over for et stigende internationalt pres efter Suu Kyi vandt Nobels fredspris i 1991. Ved at erstatte Saw Maung med general Than Shwe i 1992 lettede regimet nogle restriktioner, men fastholdt sit greb om magten, herunder at standse forsøg på at udarbejde en ny forfatning.I løbet af årtiet måtte regimet tage fat på forskellige etniske oprør.Bemærkelsesværdige våbenhvileaftaler blev forhandlet med flere stammegrupper, selvom en varig fred med den etniske gruppe Karen forblev uhåndgribelig.Derudover førte amerikansk pres til en aftale med Khun Sa, en opiumskrigsherre, i 1995. På trods af disse udfordringer var der forsøg på at modernisere militærregimet, herunder en navneændring til Statens Freds- og Udviklingsråd (SPDC) i 1997 og flytning hovedstaden fra Yangon til Naypyidaw i 2005.Regeringen annoncerede en syv-trins "køreplan til demokrati" i 2003, men der var ingen tidsplan eller verifikationsproces, hvilket førte til skepsis fra internationale observatører.Nationalkonventet mødtes igen i 2005 for at omskrive forfatningen, men udelukkede store pro-demokratiske grupper, hvilket førte til yderligere kritik.Menneskerettighedskrænkelser, herunder tvangsarbejde, fik Den Internationale Arbejdsorganisation til at søge retsforfølgelse af juntamedlemmer for forbrydelser mod menneskeheden i 2006. ^[90]