Under den bosniske krig og den kroatiske krig 1991-1995 deltog Montenegro med sit politi og militærstyrker i angrebene på Dubrovnik, Kroatien og bosniske byer sammen med serbiske tropper, aggressive handlinger med det formål at erhverve flere territorier med magt, karakteriseret ved et konsekvent mønster af grove og systematiske krænkelser af menneskerettighederne.Den montenegrinske general Pavle Strugar er siden blevet dømt for sin del i bombningen af ​​Dubrovnik.Bosniske flygtninge blev arresteret af montenegrinsk politi og transporteret til serbiske lejre i Foča, hvor de blev udsat for systematisk tortur og henrettet.I maj 1992 indførte FN en embargo mod FRJ: Dette påvirkede mange aspekter af livet i landet.På grund af sin gunstige geografiske beliggenhed (adgang til Adriaterhavet og en vandforbindelse til Albanien over Skadarsøen) blev Montenegro et knudepunkt for smuglervirksomhed.Hele den montenegrinske industriproduktion var stoppet, og republikkens vigtigste økonomiske aktivitet blev smugling af brugergoder – især dem, der var mangelvare som benzin og cigaretter, som begge steg i pris.Det blev en de facto legaliseret praksis, og det fortsatte i årevis.I bedste fald vendte den montenegrinske regering det blinde øje til den ulovlige aktivitet, men for det meste tog den aktivt del i den.Smugling gjorde millionærer ud af alle mulige lyssky individer, inklusive højtstående embedsmænd.Milo Đukanović fortsætter med at stå over for sager ved forskellige italienske domstole på grund af sin rolle i udbredt smugling i 1990'erne og i at skabe et tilflugtssted i Montenegro for forskellige italienske mafia-figurer, som angiveligt også deltog i smugleriets distributionskæde.