Den nye sultan etablerede en ny hovedstad ved Johor-floden og fortsatte derfra med at chikanere portugiserne i nord.Han arbejdede konsekvent sammen med sin bror i Perak og sultanen af ​​Pahang for at generobre Malacca, som på dette tidspunkt var beskyttet af fortet A Famosa.På den nordlige del af Sumatra omkring samme periode begyndte Aceh-sultanatet at få betydelig indflydelse over Malacca-strædet.Med Malaccas fald til kristne hænder, sprang muslimske handlende ofte over Malacca til fordel for Aceh eller også for Johors hovedstad Johor Lama (Kota Batu).Derfor blev Malacca og Aceh direkte konkurrenter.Da portugiserne og Johor ofte låste hornene, lancerede Aceh flere razziaer mod begge sider for at stramme grebet over sundet.Acehs stigning og udvidelse tilskyndede portugiserne og Johor til at underskrive en våbenhvile og aflede deres opmærksomhed mod Aceh.Våbenhvilen var dog kortvarig, og med Aceh stærkt svækket havde Johor og portugiserne hinanden i kikkerten igen.Under Sultan Iskandar Mudas styre angreb Aceh Johor i 1613 og igen i 1615. ^[54]