Perak-sultanatet blev etableret i begyndelsen af ​​det 16. århundrede på Perak-flodens bredder af Muzaffar Shah I, den ældste søn af Mahmud Shah, den 8. sultan af Malacca.Efter Malaccas tilfangetagelse af portugiserne i 1511 søgte Muzaffar Shah tilflugt i Siak, Sumatra, før han besteg tronen i Perak.Hans etablering af Perak-sultanatet blev lettet af lokale ledere, herunder Tun Saban.Under det nye sultanat blev Peraks administration mere organiseret, og trak fra det feudale system, der praktiseres i det demokratiske Malacca.Som det 16. århundrede skred frem, blev Perak en vigtig kilde til tinmalm, der tiltrak regionale og internationale forhandlere.Sultanatets fremgang tiltrak imidlertid det magtfulde Sultanat Acehs opmærksomhed, hvilket førte til en periode med spændinger og interaktioner.Igennem 1570'erne chikanerede Aceh vedvarende dele af den malaysiske halvø.I slutningen af ​​1570'erne var Acehs indflydelse tydelig, da Peraks sultan Mansur Shah I på mystisk vis forsvandt, hvilket gav næring til spekulationer om hans bortførelse af acehniske styrker.Dette førte til, at sultanens familie blev ført til fange til Sumatra.Som et resultat var Perak kortvarigt under acehnisk herredømme, da en acehnesisk prins besteg Perak-tronen som sultan Ahmad Tajuddin Shah.Alligevel, på trods af Acehs indflydelse, forblev Perak autonom og modsatte sig kontrol fra både Aceh- og Siameserne.Acehs greb om Perak begyndte at aftage med det hollandske østindiske kompagnis (VOC) ankomst i midten af ​​det 17. århundrede.Aceh og VOC kæmpede om kontrol over Peraks lukrative tinhandel.I 1653 nåede de et kompromis og underskrev en traktat, der gav hollænderne eksklusive rettigheder til Peraks tin.I slutningen af ​​det 17. århundrede, med Johor-sultanatets tilbagegang, opstod Perak som den sidste arving til den malakanske slægt, men den stod over for interne stridigheder, herunder en 40 år lang borgerkrig i det 18. århundrede om tinindtægter.Denne uro kulminerede i en traktat fra 1747 med hollænderne, der anerkendte deres monopol på tinhandelen.