Raja Hijau, den grønne dronning, steg op til Patanis trone i 1584 på grund af mangel på mandlige arvinger.Hun anerkendte siamesisk autoritet og antog titlen peracau.Under hendes styre, som varede 32 år, trivedes Patani og blev et kulturelt knudepunkt og et fremtrædende handelscenter.Kinesiske, malaysiske, siamesiske, portugisiske, japanske, hollandske og engelske købmænd frekventerede Patani, hvilket bidrog til dens økonomiske vækst.Især kinesiske købmænd spillede en central rolle i fremkomsten af ​​Patani som handelscenter, og europæiske handlende betragtede Patani som en gateway til det kinesiske marked.Efter Raja Hijaus regeringstid blev Patani styret af en række dronninger, herunder Raja Biru (den blå dronning), Raja Ungu (den lilla dronning) og Raja Kuning (den gule dronning).Raja Biru inkorporerede Kelantan-sultanatet i Patani, mens Raja Ungu dannede alliancer og modstod siamesisk dominans, hvilket førte til konflikter med Siam.Raja Kunings regeringstid markerede et fald i Patanis magt og indflydelse.Hun søgte forsoning med siameserne, men hendes styre var præget af politisk ustabilitet og et fald i handelen.Ved midten af ​​det 17. århundrede var Patani-dronningernes magt aftaget, og politisk uorden plagede regionen.Raja Kuning blev angiveligt afsat af Raja af Kelantan i 1651, hvilket indvarslede Kelantan-dynastiet i Patani.Regionen stod over for oprør og invasioner, især fra Ayutthaya.I slutningen af ​​det 17. århundrede afskrækkede politisk uro og lovløshed udenlandske købmænd fra at handle med Patani, hvilket førte til dets tilbagegang som beskrevet i kinesiske kilder.