Hollandske Malacca (1641-1825) var den længste periode, hvor Malacca var under udenlandsk kontrol.Hollænderne regerede i næsten 183 år med intermitterende britisk besættelse under Napoleonskrigene (1795-1815).Denne æra oplevede relativ fred med få alvorlige afbrydelser fra de malaysiske sultanater på grund af den forståelse, der blev skabt mellem hollænderne og sultanatet Johor i 1606. Denne gang markerede også nedgangen i Malaccas betydning.Hollænderne foretrak Batavia (det nuværende Jakarta) som deres økonomiske og administrative centrum i regionen, og deres hold i Malacca var at forhindre tabet af byen til andre europæiske magter og efterfølgende den konkurrence, der ville komme med den.Således, i det 17. århundrede, hvor Malacca ophørte med at være en vigtig havn, blev Johor-sultanatet den dominerende lokale magt i regionen på grund af åbningen af ​​dens havne og alliancen med hollænderne.