Den sidste sultan fra det malakanske dynasti, Sultan Mahmud Shah II, var kendt for sin utilregnelige adfærd, som stort set gik ukontrolleret efter Bendehara Habibs død og den efterfølgende udnævnelse af Bendahara Abdul Jalil.Denne adfærd kulminerede i, at sultanen beordrede henrettelse af en adeligs gravide kone for en mindre overtrædelse.Som gengældelse blev sultanen dræbt af den forurettede adelige og efterlod tronen ledig i 1699. Orang Kayas, rådgivere for sultanen, henvendte sig til Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong fra Muar, som foreslog, at Bendahara Abdul Jalil skulle arve tronen.Men arven blev mødt med en vis utilfredshed, især fra Orang Laut.I denne periode med ustabilitet så to dominerende grupper i Johor - Bugierne og Minangkabau - en mulighed for at udøve magt.Minangkabau introducerede Raja Kecil, en prins, der hævder at være Sultan Mahmud II's posthume søn.Med løftet om rigdom og magt støttede Bugierne oprindeligt Raja Kecil.Imidlertid forrådte Raja Kecil dem og kronede sig selv som Sultan af Johor uden deres samtykke, hvilket fik den tidligere sultan Abdul Jalil IV til at flygte og til sidst blive myrdet.Som gengældelse slog Bugierne sig sammen med Raja Sulaiman, søn af Sultan Abdul Jalil IV, hvilket førte til Raja Kecils detronisering i 1722. Mens Raja Sulaiman steg op som Sultan, blev han stærkt påvirket af Bugierne, som i virkeligheden regerede Johor.Gennem Sultan Sulaiman Badrul Alam Shahs regeringstid i midten af ​​det 18. århundrede, udøvede Bugierne betydelig kontrol over Johors administration.Deres indflydelse voksede så betydelig, at i 1760 havde forskellige Bugis-familier giftet sig ind i Johors kongelige slægt, hvilket yderligere konsoliderede deres dominans.Under deres ledelse oplevede Johor økonomisk vækst, styrket af integrationen af ​​kinesiske handlende.Men i slutningen af ​​det 18. århundrede begyndte Engkau Muda fra Temenggong-fraktionen at generobre magten, hvilket lagde grundlaget for sultanatets fremtidige velstand under ledelse af Temenggong Abdul Rahman og hans efterkommere.