I slutningen af ​​det 11. århundrede overtog Khwarazmian-dynastiet kontrol over Irak.Denne periode med tyrkisk sekulært styre og det abbasidiske kalifat sluttede med de mongolske invasioner i det 13. århundrede.^[51] Mongolerne, ledet af Djengis Khan, havde erobret Khwarezmia i 1221. Irak oplevede dog en midlertidig udsættelse på grund af Djengis Khans død i 1227 og efterfølgende magtkampe inden for det mongolske imperium.Möngke Khan fra 1251 genstartede den mongolske ekspansion, og da kalif al-Mustasim nægtede mongolske krav, stod Bagdad over for en belejring ledet af Hulagu Khan i 1258.Belejringen af ​​Bagdad, en afgørende begivenhed i de mongolske erobringer, strakte sig over 13 dage fra 29. januar til 10. februar 1258. Ilkhanatets mongolske styrker, sammen med deres allierede, belejrede, erobrede og plyndrede i sidste ende Bagdad, det abbasidiske kalifats hovedstad på det tidspunkt .Denne belejring resulterede i massakren på de fleste af byens indbyggere, der potentielt talte i hundredtusindvis.Omfanget af ødelæggelsen af ​​byens biblioteker og deres værdifulde indhold er fortsat et emne til debat blandt historikere.De mongolske styrker henrettede Al-Musta'sim og påførte Bagdad alvorlig affolkning og ødelæggelse.Denne belejring markerede symbolsk afslutningen på den islamiske guldalder, en periode, hvor kaliferne havde udvidet deres herredømme fra den iberiske halvø til Sindh.