Grækerne i den klassiske periode troede, at i den mørke tidsalder, der fulgte sammenbruddet af den mykenske civilisation, flygtede et betydeligt antal grækere og var emigreret til Lilleasien og bosatte sig der.Disse bosættere kom fra tre stammegrupper: Æolerne, Dorianerne og Ionerne.Ionerne havde slået sig ned ved kysterne ved Lydia og Caria og grundlagde de tolv byer, der udgjorde Ionien.Byerne i Ionien forblev uafhængige, indtil de blev erobret af Lydianerne i det vestlige Lilleasien.Den persiske prins Kyros førte et oprør mod den sidste medianerkonge Astyages i 553 fvt.Mens han kæmpede mod Lydianerne, havde Kyros sendt beskeder til Ionerne og bedt dem om at gøre oprør mod Lydianerne, hvilket Ionerne havde nægtet at gøre.Efter at Kyros havde afsluttet erobringen af ​​Lydia, tilbød de joniske byer nu at være hans undersåtter på samme vilkår, som de havde været undersåtter af Krøsus.Cyrus nægtede med henvisning til ionernes manglende vilje til at hjælpe ham tidligere.Ionerne forberedte sig således på at forsvare sig selv, og Kyros sendte den medianske general Harpagus for at erobre dem.I årene efter deres erobring fandt perserne, at ionerne var svære at regere.Perserne nøjedes således med at sponsorere en tyrann i hver ionisk by, selvom dette trak dem ind i ionernes interne konflikter.På tærsklen til de græsk-persiske krige er det sandsynligt, at den joniske befolkning var blevet utilfreds og klar til oprør.