Da Histiaeus hørte om Miletos fald, synes han at have udnævnt sig selv til leder af modstanden mod Persien .Da han drog ud fra Byzans med sin styrke af lesbiske, sejlede han til Chios.Chianerne nægtede at modtage ham, så han angreb og ødelagde resterne af Chian-flåden.Forkrøblet af de to nederlag til søs, indvilligede chianerne derefter i Histiaeus' ledelse.Histiaeus samlede nu en stor styrke af ionere og æolere og gik for at belejre Thasos.Imidlertid modtog han derefter nyheden om, at den persiske flåde var på vej ud fra Milet for at angribe resten af ​​Ionien, så han vendte hurtigt tilbage til Lesbos.For at brødføde sin hær førte han fouragerende ekspeditioner til fastlandet nær Atarneus og Myus.En stor persisk styrke under Harpagus var i området og opsnappede til sidst en fouragerende ekspedition nær Malene.Det efterfølgende slag var hårdt udkæmpet, men blev afsluttet med en succesfuld persisk kavaleriangreb, der dirigerede den græske linje.Histiaeus selv overgav sig til perserne og troede, at han ville være i stand til at tale sig til en benådning fra Darius.Imidlertid blev han ført til Artaphernes i stedet, som, fuldt ud klar over Histiaeus' tidligere forræderi, spiddede ham og sendte derefter hans balsamerede hoved til Darius.Den persiske flåde og hær overvintrede ved Milet, før de rejste ud i 493 fvt for endelig at udrydde de sidste gløder af oprøret.De angreb og erobrede øerne Chios, Lesbos og Tenedos.På hver, lavede de et 'menneske-net' af tropper og fejede hen over hele øen for at skylle eventuelle skjulte oprørere ud.De flyttede derefter over til fastlandet og erobrede hver af de resterende byer i Ionien, ligesom de opsøgte eventuelle resterende oprørere.Selvom byerne i Ionien utvivlsomt blev harvet i kølvandet, ser ingen ud til at have lidt helt Miletos skæbne.Herodot siger, at perserne udvalgte de smukkeste drenge fra hver by og kastrerede dem, og valgte de smukkeste piger og sendte dem bort til kongens harem og brændte derefter byernes templer.Selvom dette muligvis er sandt, overdriver Herodot sandsynligvis også omfanget af ødelæggelser. På få år var byerne mere eller mindre vendt tilbage til det normale, og de var i stand til at udstyre en stor flåde til den anden persiske invasion af Grækenland, kun 13 år. år senere.Den persiske hær generobrede derefter bosættelserne på den asiatiske side af Propontis, mens den persiske flåde sejlede op ad den europæiske kyst af Hellespont og tog hver bosættelse på skift.Da hele Lilleasien nu fast vendt tilbage til persisk herredømme, var oprøret endelig forbi.