Den græske flåde sejlede derefter til Byzans, som de belejrede og til sidst erobrede.Kontrol over både Sestos og Byzans gav de allierede kommandoen over strædet mellem Europa og Asien (som perserne havde krydset), og gav dem adgang til handelshandlen i Sortehavet.Efterdønningerne af belejringen skulle vise sig at blive besværlige for Pausanias.Præcis hvad der skete er uklart;Thukydid giver få detaljer, selvom senere forfattere tilføjede masser af uhyggelige insinuationer.Gennem sin arrogance og vilkårlige handlinger (Thucydides siger "vold"), lykkedes det Pausanias at fremmedgøre mange af de allierede kontingenter, især dem, der netop var blevet befriet fra persisk overherredømme.Ionerne og andre bad athenerne om at tage ledelsen af ​​felttoget, hvilket de gik med til.Spartanerne, der hørte om hans opførsel, mindede om Pausanias og dømte ham anklaget for at have samarbejdet med fjenden.Selvom han blev frikendt, var hans ry plettet, og han blev ikke genoprettet til sin kommando.