I Cuba tog 26. juli-bevægelsen, ledet af de unge revolutionære Fidel Castro og Che Guevara, magten i den cubanske revolution den 1. januar 1959 og væltede præsident Fulgencio Batista, hvis upopulære regime var blevet nægtet våben af ​​Eisenhower-administrationen.Selvom Fidel Castros første nægtede at kategorisere sin nye regering som socialistisk og gentagne gange nægtede at være kommunist, udnævnte Castro marxister til højtstående regerings- og militærstillinger.Det vigtigste var, at Che Guevara blev centralbankchef og derefter industriminister.Diplomatiske forbindelser mellem Cuba og USA fortsatte i nogen tid efter Batistas fald, men præsident Eisenhower forlod bevidst hovedstaden for at undgå at møde Castro under sidstnævntes rejse til Washington, DC i april, og efterlod vicepræsident Richard Nixon til at lede mødet i hans sted .Cuba begyndte at forhandle om våbenkøb fra østblokken i marts 1960. I marts samme år gav Eisenhower godkendelse til CIAs planer og finansiering for at vælte Castro.I januar 1961, lige før han forlod embedet, afbrød Eisenhower formelt forholdet til den cubanske regering.Den april gennemførte administrationen af ​​den nyvalgte amerikanske præsident John F. Kennedy den mislykkede CIA-organiserede skibsbårne invasion af øen ved Playa Girón og Playa Larga i Santa Clara-provinsen – en fiasko, der offentligt ydmygede USA.Castro reagerede ved offentligt at omfavne marxismen-leninismen, og Sovjetunionen lovede at yde yderligere støtte.I december begyndte den amerikanske regering en kampagne med terrorangreb mod det cubanske folk og hemmelige operationer og sabotage mod administrationen i et forsøg på at vælte den cubanske regering.