Nikephoros kom i konflikt med kejser Michael i 1078, da han bønfaldt kejseren om at tage fat på den forværrede situation i det byzantinske Anatolien og fornærme Michael med sin ærlighed.For at beskytte sig selv samlede Nikephoros en hær af indfødte tropper og tyrkiske lejesoldater og erklærede sig selv til kejser i juli eller oktober 1077. Nikephoros samlede en stærk støttebase på grund af sin militære dygtighed og familiekendskab og blev senere anerkendt af det byzantinske senat den 7. januar 1078, hvorefter han greb tronen med hjælp fra borgerne i Konstantinopel.Som kejser stod Nikephoros over for adskillige oprør, herunder Nikephoros Bryennios, Nikephoros Basilakes og Constantine Doukas, samt et mordforsøg af Varangian Guard .Nikephoros omfavnede en kejsers dragt og udførte mange handlinger for at øge hans legitimitet og støtte, såsom at bruge store beløb på donationer til hæren og hans støtter, eftergive al gæld i restance og iværksætte mindre juridiske reformer.Diplomatisk sikrede Nikephoros underkastelsen af ​​Theodore Gabras og Philaretos Brachamios, guvernører i henholdsvis Trebizond og Antiokia, som de facto var blevet uafhængige af det byzantinske imperium på grund af Seljukkernes konstante indtrængen i det byzantinske Anatolien.