Den normanniske hertug Robert Guiscard af Apulien forberedte sig på at invadere det byzantinske rige i 1081 under påskud af at forsvare efterfølgeren af ​​Constantine Doukas, som var blevet forlovet med Roberts datter Helena;på samme tid erobrede Seljukkerne byen Cyzicus.Alexios blev betroet en betydelig hær til at besejre den normanniske trussel, men konspirerede med sin slægtning John Doukas om i stedet at tage tronen for sig selv.Alexios rejste et oprør mod Nikephoros og var i stand til hurtigt at omringe Konstantinopel og sætte det til belejring på grund af manglen på en defensiv hær.Nikeophoros var ude af stand til at sikre sig støtte fra hverken Seljuk-tyrkerne eller Nikephoros Melissenos, hans traditionelle rivaler, og blev derfor tvunget til at forberede sig på at abdicere.Nikephoros besluttede, at hans eneste valg var at abdicere til fordel for Melissenos, som var i nærheden i Damalis i Anatolien, og sendte bud til ham over Bosporus;disse budbringere blev imidlertid opsnappet af George Palaiologos, en general af Alexios, som overtalte dem til at støtte Alexios.Alexios og hans styrker brød igennem Konstantinopels mure den 1. april 1081 og plyndrede byen;Patriark Cosmas overbeviste Nikephoros om at abdicere til Alexios i stedet for at forlænge borgerkrigen.Nikephoros flygtede derefter til Hagia Sophia og søgte et fristed inde i det.Michael, Alexios' logoet, eskorterede derefter Nikephoros til Peribleptus-klostret, hvor han abdicerede og blev munk.Han døde senere samme år.