På trods af at han var i en potentielt gunstig situation, stoppede Hooker sin korte offensiv.Hans handlinger kan have demonstreret hans manglende tillid til at håndtere de komplekse handlinger i en så stor organisation for første gang (han havde været en effektiv og aggressiv divisions- og korpschef i tidligere kampe), men han havde også besluttet, før han begyndte kampagnen, at han ville kæmpe slaget defensivt og tvang Lee, med sin lille hær, til at angribe sin egen, større.Ved det [første] slag ved Fredericksburg (13. december 1862) havde unionshæren gjort angrebet og mødt et blodigt nederlag.^[4]Hooker vidste, at Lee ikke kunne opretholde et sådant nederlag og holde en effektiv hær i feltet, så han beordrede sine mænd til at trække sig tilbage i ørkenen og indtage en defensiv position omkring Chancellorsville, hvilket vovede Lee til at angribe ham eller trække sig tilbage med overlegne styrker i ryggen .Han forvirrede sagerne ved at udstede en anden ordre til sine underordnede om at holde deres stillinger indtil kl.Hookers underordnede var overraskede og forargede over ændringen i planerne.De så, at den position, de kæmpede for i nærheden af ​​Zoan-kirken, var relativt høj og tilbød en mulighed for infanteriet og artilleriet at indsætte uden for ødemarkens begrænsninger.Meade udbrød: "Min Gud, hvis vi ikke kan holde toppen af ​​bakken, kan vi bestemt ikke holde bunden af ​​den!"Set gennem bagklogskabens linse vurderede nogle af deltagerne og mange moderne historikere, at Hooker reelt tabte kampagnen den 1. maj. Stephen W. Sears bemærkede dog, at Hookers bekymring var baseret på mere end personlig frygtsomhed.^[4]