Lee, på trods af at være i undertal med et forhold på over to til én, vandt uden tvivl sin største sejr i krigen, nogle gange beskrevet som hans "perfekte kamp".^[25] Men han betalte en frygtelig pris for det, idet han tog flere tab, end han havde tabt i noget tidligere slag, inklusive det konfødererede nederlag i slaget ved Antietam .Med kun 60.000 mand beskæftiget led han 13.303 ofre (1.665 dræbte, 9.081 sårede, 2.018 savnede), ^{[34 og]} mistede omkring 22% af sin styrke i felttoget – mænd som konføderationen med sin begrænsede mandskab ikke kunne erstatte.Lige så alvorligt mistede han sin mest aggressive feltkommandant, Stonewall Jackson.Brig.Gen. Elisha F. Paxton var den anden konfødererede general, der blev dræbt under slaget.Efter Longstreet atter sluttede sig til hovedhæren, var han stærkt kritisk over for Lees strategi og sagde, at kampe som Chancellorsville kostede konføderationen flere mænd, end det havde råd til at tabe.^[26]Hooker, der startede kampagnen med at tro, at han havde "80 chancer i 100 for at få succes", tabte kampen på grund af fejlkommunikation, inkompetencen hos nogle af hans førende generaler (mest bemærkelsesværdigt Howard og Stoneman, men også Sedgwick), men mest gennem kollapset af sin egen tillid.Hookers fejl omfattede at opgive sit offensive skub den 1. maj og beordre Sickles til at opgive Hazel Grove og trække sig tilbage den 2. maj. Han tog også fejl i sin magtfordeling;På trods af Abraham Lincolns formaning, "indsæt denne gang alle dine mænd", affyrede omkring 40.000 mænd fra Army of the Potomac næppe et skud.Unionen var chokeret over nederlaget.Præsident Abraham Lincoln blev citeret for at sige: "Min Gud! Min Gud! Hvad vil landet sige?"Nogle få generaler var karriereofre.Præsident Lincoln valgte at beholde Hooker i kommandoen over hæren, men gnidningen mellem Lincoln, den øverste general Henry W. Halleck, og Hooker blev utålelig i de tidlige dage af det, der ville blive kendt som Gettysburg-kampagnen, og Lincoln afløste Hooker fra kommandoen på 28. juni, lige før slaget ved Gettysburg .Den konfødererede offentlighed havde blandede følelser omkring resultatet, glæde over Lees taktiske sejr dæmpet af tabet af deres mest elskede general, Stonewall Jackson.Jacksons død fik Lee til at foretage den længe tiltrængte omorganisering af Army of Northern Virginia fra to store korps til tre under James Longstreet, Richard S. Ewell og AP Hill.De nye opgaver for de to sidstnævnte generaler forårsagede nogle kommandovanskeligheder i den kommende Gettysburg-kampagne, som begyndte i juni.Af større betydning for Gettysburg var imidlertid den suveræne tillid, som Lee fik fra sin store sejr ved Chancellorsville, at hans hær var praktisk talt uovervindelig og ville lykkes med alt, hvad han bad den om.^[27]