Krigen havde fuldstændig ødelagt Syden og stillet alvorlige spørgsmål om, hvordan Syden ville blive genintegreret i Unionen.Krigen ødelagde meget af den rigdom, der havde eksisteret i Syden.Alle akkumulerede investeringer i konfødererede obligationer blev fortabt;de fleste banker og jernbaner var konkurs.Indkomsten pr. person i syd faldt til mindre end 40 procent af indkomsten i nord, en tilstand der varede til langt ind i det 20. århundrede.Den sydlige indflydelse i den føderale regering, der tidligere var betydelig, blev stærkt formindsket indtil sidste halvdel af det 20. århundrede.Genopbygningen begyndte under krigen med frigørelseserklæringen af ​​1. januar 1863, og den fortsatte indtil 1877. Den omfattede flere komplekse metoder til at løse de udestående spørgsmål i krigens efterdønninger, hvoraf de vigtigste var de tre "genopbygningsændringer" til forfatningen: den 13. forbyder slaveri (1865), den 14. garanterer statsborgerskab til slaver (1868) og den 15. sikrer stemmeret til slaver (1870).Talrige teknologiske innovationer under borgerkrigen havde stor indflydelse på det 19. århundredes videnskab.Borgerkrigen var et af de tidligste eksempler på en "industriel krig", hvor teknologisk magt bruges til at opnå militær overherredømme i en krig.Nye opfindelser, såsom toget og telegrafen, leverede soldater, forsyninger og beskeder på et tidspunkt, hvor heste blev anset for at være den hurtigste måde at rejse på.Det var også i denne krig, at luftkrigsførelse, i form af rekognosceringsballoner, først blev brugt.Det så den første handling, der involverede dampdrevne jernbeklædte krigsskibe i søkrigshistorien.Gentagende skydevåben som Henry-riflen, Spencer-riflen, Colt-roterende riffel, Triplett & Scott-karabin og andre, dukkede først op under borgerkrigen;de var en revolutionær opfindelse, der snart ville erstatte mundings- og enkeltskudsskydevåben i krigsførelse.Krigen så også de første optrædener af hurtigskydende våben og maskingeværer som Agar-pistolen og Gatling-pistolen.