Konfødererede styrker over det sydlige overgav sig, da nyheden om Lees overgivelse nåede dem.Den 26. april 1865, samme dag som Boston Corbett dræbte Booth i en tobakslade, overgav general Joseph E. Johnston næsten 90.000 tropper fra Army of Tennessee til generalmajor William Tecumseh Sherman ved Bennett Place nær det nuværende Durham, North Carolina.Det viste sig at være den største overgivelse af konfødererede styrker.Den 4. maj overgav alle tilbageværende konfødererede styrker i Alabama, Louisiana øst for Mississippi-floden og Mississippi under generalløjtnant Richard Taylor.Den konfødererede præsident, Jefferson Davis, blev taget til fange i Irwinsville, Georgia den 10. maj 1865. Den 13. maj 1865 blev krigens sidste landslag udkæmpet i slaget ved Palmito Ranch i Texas.Den 26. maj 1865 underskrev den konfødererede generalløjtnant Simon B. Buckner, som fungerede for general Edmund Kirby Smith, en militær konvention om overgivelse af styrkerne fra det konfødererede trans-Mississippi-departement.Denne dato citeres ofte af samtidige og historikere som slutdatoen for den amerikanske borgerkrig.