I januar 1863 led Army of the Potomac, efter slaget ved Fredericksburg og den ydmygende muddermarch, af stigende deserteringer og faldende moral.Lincoln forsøgte en femte gang med en ny general den 25. januar 1863 — maj.General Joseph Hooker, en mand med et stridbart ry, som havde præsteret godt i tidligere underordnede kommandoer.^[56]Hooker påbegyndte en tiltrængt omorganisering af hæren og gjorde op med Burnsides store divisionssystem, som havde vist sig uhåndterligt;han havde heller ikke længere tilstrækkelige højtstående officerer ved hånden, som han kunne stole på til at lede flerkorpsoperationer.^[57] Han organiserede kavaleriet i et separat korps under kommando af brig.Gen. George Stoneman.Men mens han koncentrerede kavaleriet i en enkelt organisation, spredte han sine artilleribataljoner til kontrol af infanteridivisionscheferne og fjernede den koordinerende indflydelse fra hærens artillerichef, brig.Gen. Henry J. Hunt.Blandt hans ændringer var rettelser til troppernes daglige kost, lejrhygiejniske ændringer, forbedringer og ansvarlighed af kvartermestersystemet, tilføjelse af og overvågning af kompagniets kokke, adskillige hospitalsreformer, et forbedret orlovssystem, ordrer til at dæmme op for stigende desertering, forbedrede øvelser , og stærkere officersuddannelse.De to hære mødte hinanden i Fredericksburg i løbet af vinteren 1862-1863.Chancellorsville-kampagnen begyndte, da Hooker i hemmelighed flyttede størstedelen af ​​sin hær op ad den venstre bred af Rappahannock-floden og krydsede den om morgenen den 27. april 1863. Unionens kavaleri under generalmajor George Stoneman begyndte et langdistance-raid mod Lees forsyningslinjer på nogenlunde samme tid.Ved at krydse Rapidan-floden via Germanna og Ely's Fords koncentrerede det føderale infanteri sig nær Chancellorsville den 30. april. Kombineret med unionsstyrken vendt mod Fredericksburg planlagde Hooker en dobbelt indhylling, hvor han angreb Lee både forfra og bagfra.Den 1. maj rykkede Hooker frem fra Chancellorsville mod Lee, men den konfødererede general splittede sin hær over for overlegne tal og efterlod en lille styrke ved Fredericksburg for at afskrække generalmajor John Sedgwick fra at rykke frem, mens han angreb Hookers fremrykning med omkring fire. - femtedele af hans hær.På trods af sine underordnes indvendinger trak Hooker sine mænd tilbage til defensive linjer omkring Chancellorsville og afgav initiativet til Lee.Den 2. maj delte Lee sin hær igen og sendte hele Stonewall Jacksons korps på en flankerende march, der dirigerede Union XI Corps.Slagets hårdeste kamp – og den anden blodigste dag i borgerkrigen – fandt sted den 3. maj, da Lee lancerede flere angreb mod Unionens position ved Chancellorsville, hvilket resulterede i store tab på begge sider og tilbagetrækningen af ​​Hookers hovedhær.Samme dag rykkede Sedgwick frem over Rappahannock-floden, besejrede den lille konfødererede styrke ved Marye's Heights i det andet slag ved Fredericksburg og rykkede derefter mod vest.De konfødererede kæmpede for en vellykket forsinkende aktion i slaget ved Salem-kirken.Den 4. vendte Lee ryggen til Hooker og angreb Sedgwick og kørte ham tilbage til Banks' Ford og omringede dem på tre sider.Sedgwick trak sig tilbage over vadestedet tidligt den 5. maj. Lee vendte tilbage for at konfrontere Hooker, som trak resten af ​​sin hær tilbage på tværs af US Ford natten mellem den 5. og 6. maj.Chancellorsville er kendt som Lees "perfekte kamp" ^[58] fordi hans risikable beslutning om at dele sin hær i nærværelse af en meget større fjendtlig styrke resulterede i en betydelig konfødereret sejr.Sejren, et produkt af Lees frækhed og Hookers frygtsomme beslutningstagning, blev dæmpet af store ofre, herunder generalløjtnant Thomas J. "Stonewall" Jackson.Jackson blev ramt af venlig ild, hvilket krævede, at hans venstre arm blev amputeret.Han døde af lungebetændelse otte dage senere, et tab, som Lee sammenlignede med at miste sin højre arm.