Det var sandsynligvis i 340 eller 339 f.v.t., at Artaxerxes endelig lykkedes med at erobreÆgypten .Efter mange års omfattende og omhyggelige forberedelser samlede og ledede kongen personligt en stor vært, som omfattede græske lejesoldater fra Theben, Argos, Lilleasien og dem, der var kommanderet af den vendefrakke lejesoldat Mentor fra Rhodos, samt en krigsflåde og et antal af transportskibe.Skønt Artaxerxes' hær var betydeligt mindre end hans egyptiske modpart Nectanebo II, var vanskeligheden ved at marchere gennem det tørre land syd for Gaza og de mange floder i Øvre Egypten stadig, som ved tidligere invasioner, en udfordring, som ifølge Diodorus blev forværret. Siculus, ved persernes afvisning af at gøre brug af lokale guider.Invasionen startede dårligt, da Artaxerxes mistede nogle tropper til kviksand ved Barathra, og et forsøg fra hans thebanske tropper på at tage Pelusium blev med succes modangreb af garnisonen.Artaxerxes skabte derefter tre divisioner af choktropper, hver med en græsk kommandant og en persisk tilsynsførende, mens han forblev selv i kommandoen over reserverne.En enhed, som han tildelte thebanerne, en styrke bestående af kavaleri og asiatisk infanteri, fik til opgave at indtage Pelusium, mens en anden, kommanderet af mentor fra Rhodos og eunuken Bagoas, blev sendt mod Bubastis.Den tredje division, som omfattede argiverne, nogle uspecificerede elitetropper og 80 triremer, skulle etablere et brohoved på den modsatte bred af Nilen.Efter at et forsøg på at fordrive argiverne mislykkedes, trak Nectanebo sig tilbage til Memphis, hvilket fik den belejrede garnison af Pelusium til at overgive sig.Bubastis kapitulerede ligeledes, da de græske lejetropper i garnisonen kom overens med perserne efter at have ramt ægypterne.Dette blev efterfulgt af en bølge af overgivelser, som åbnede Nilen for Artaxerxes' flåde og fik Nectanebo til at miste modet og forlade sit land.Efter denne sejr over egypterne lod Artaxerxes bymurene ødelægge, startede et rædselsregime og gik i gang med at plyndre alle templerne.Persien opnåede en betydelig mængde rigdom fra denne plyndring.Artaxerxes hævede også høje skatter og forsøgte at svække Egypten nok til, at det aldrig kunne gøre oprør mod Persien.I de 10 år, som Persien kontrollerede Egypten, blev troende i den indfødte religion forfulgt, og hellige bøger blev stjålet.Før han vendte tilbage til Persien, udnævnte han Pherendares til Egyptens satrap.Med den rigdom, han fik ved at erobre Ægypten, var Artaxerxes i stand til rigeligt at belønne sine lejesoldater.Han vendte derefter tilbage til sin hovedstad efter at have fuldført sin invasion af Egypten.