Předsednictví Parvíze Mušarafa v letech 1999 až 2007 znamenalo poprvé, kdy liberální síly měly v Pákistánu významnou moc.Byly představeny iniciativy pro ekonomickou liberalizaci, privatizaci a svobodu médií, přičemž nad ekonomikou převzal kontrolu výkonný ředitel Citibank Shaukat Aziz.Mušarafova vláda udělila amnestii politickým pracovníkům z liberálních stran a odsunula konzervativce a levičáky.Mušaraf významně rozšířil soukromá média s cílem čelit kulturnímu vlivu Indie.Nejvyšší soud nařídil všeobecné volby do října 2002 a Mušaraf podpořil americkou invazi do Afghánistánu v roce 2001. Napětí s Indií kvůli Kašmíru vedlo v roce 2002 k vojenskému sporu.Mušarafovo referendum z roku 2002, které bylo považováno za kontroverzní, prodloužilo jeho prezidentský mandát.Ve všeobecných volbách v roce 2002 získali liberálové a centristé většinu a vytvořili vládu s Mušarafovou podporou.17. dodatek k pákistánské ústavě zpětně legitimizoval Mušarafovy činy a prodloužil jeho prezidentství.Shaukat Aziz se stal premiérem v roce 2004, zaměřil se na hospodářský růst, ale čelil opozici vůči sociálním reformám.Mušaraf a Azíz přežili několik pokusů o atentát spojený s al-Káidou.V mezinárodním měřítku obvinění z šíření jaderných zbraní poskvrnila jejich důvěryhodnost.Mezi domácí problémy patřily konflikty v kmenových oblastech a příměří s Talibanem v roce 2006, i když sektářské násilí přetrvávalo.