V roce 1999 zažil Pákistán nekrvavý vojenský převrat vedený generálem Parvízem Mušarafem a vojenským štábem na velitelství společného štábu.12. října převzali kontrolu nad civilní vládou premiéra Naváze Šarífa.O dva dny později Mušaraf jako výkonný ředitel kontroverzně pozastavil pákistánskou ústavu.Puč byl řízen eskalací napětí mezi Sharifovou administrativou a armádou, zejména s generálem Mušarafem.Sharifův pokus nahradit Mušarafa generálporučíkem Ziauddinem Buttem jako velitelem armády se setkal s odporem vysokých vojenských představitelů a vedl k Buttově zadržení.Poprava převratu byla rychlá.Během 17 hodin vojenští velitelé obsadili klíčové vládní instituce a umístili Sharifa a jeho administrativu, včetně jeho bratra, do domácího vězení.Armáda také převzala kontrolu nad kritickou komunikační infrastrukturou.Pákistánský nejvyšší soud, vedený hlavním soudcem Irshadem Hassanem Khanem, potvrdil stanné právo na základě „doktríny nutnosti“, ale omezil jeho trvání na tři roky.Sharif byl souzen a odsouzen za ohrožení životů na palubě letadla přepravujícího Mušarafa, což vyvolalo kontroverzi.V prosinci 2000 Mušaraf nečekaně udělil milost Šarífovi, který poté odletěl do Saúdské Arábie.V roce 2001 se Mušaraf stal prezidentem poté, co donutil prezidenta Rafiqa Tarara k rezignaci.Národní referendum v dubnu 2002, které mnozí kritizovali jako podvodné, rozšířilo Mušarafovo pravidlo.Ve všeobecných volbách v roce 2002 došlo k návratu k demokracii, kdy Mušarafova PML(Q) vytvořila menšinovou vládu.