Během bosenské války a chorvatské války v letech 1991–1995 se Černá Hora podílela se svými policejními a vojenskými silami na útocích na Dubrovník, Chorvatsko a bosenská města spolu se srbskými jednotkami, agresivních akcí zaměřených na získání více území silou, charakterizovaných konzistentním vzorem hrubé a systematické porušování lidských práv.Černohorský generál Pavle Strugar byl mezitím odsouzen za podíl na bombardování Dubrovníku.Bosenští uprchlíci byli zatčeni černohorskou policií a převezeni do srbských táborů ve Foči, kde byli systematicky mučeni a popraveni.V květnu 1992 uvalila Organizace spojených národů na SRJ embargo: to ovlivnilo mnoho aspektů života v zemi.Černá Hora se díky své příznivé geografické poloze (přístup k Jaderskému moři a vodní spojení s Albánií přes jezero Skadar) stala centrem pašeráckých aktivit.Celá černohorská průmyslová výroba se zastavila a hlavní ekonomickou aktivitou republiky se stalo pašování uživatelského zboží – zejména nedostatkového, jako je benzín a cigarety, obojí raketově zdražilo.Stalo se to de facto legalizovanou praxí a trvalo to léta.Černohorská vláda nad nelegální činností v lepším případě přivírala oči, ale většinou se na ní aktivně podílela.Pašování dělalo milionáře z nejrůznějších stinných jedinců, včetně vysokých státních úředníků.Milo Đukanović nadále čelí žalobám u různých italských soudů kvůli své roli v rozsáhlém pašování během 90. let a při poskytování bezpečného útočiště v Černé Hoře různým postavám italské mafie, které se také údajně účastnily distribučního řetězce pašování.