Studie asijské genetiky naznačuje, že původní lidé ve východní Asii pocházeli z jihovýchodní Asie.^[14] Domorodé skupiny na poloostrově lze rozdělit do tří etnik: Negritos, Senoi a proto-Malajci.^[15] Prvními obyvateli Malajského poloostrova byli s největší pravděpodobností Negritos.^[16] Tito mezolitičtí lovci byli pravděpodobně předky Semangů, etnické skupiny Negrito.^[17] Senoi se zdají být složenou skupinou, s přibližně polovinou mateřských mitochondriálních linií DNA sahající zpět k předkům Semangů a asi polovinou k pozdějším migracím předků z Indočíny.Učenci předpokládají, že jsou potomky raných austroasiatsky mluvících zemědělců, kteří před přibližně 4 000 lety přinesli jak svůj jazyk, tak technologii do jižní části poloostrova.Sjednotili se a splynuli s domorodým obyvatelstvem.^[18] Proto Malajci mají rozmanitější původ ^[19] a usadili se v Malajsii do roku 1000 př. n. l. v důsledku austronéské expanze.^[20] Ačkoli vykazují určité spojení s jinými obyvateli v přímořské jihovýchodní Asii, někteří mají také předky v Indočíně v době posledního ledovcového maxima asi před 20 000 lety.Oblasti zahrnující to, co je nyní Malajsie, se účastnily námořní Jade Road.Obchodní síť existovala 3000 let, mezi 2000 př.nl až 1000 nl.^[21]Antropologové podporují názor, že Proto-Malajci pocházejí z dnešního Yunnanu vČíně .^[22] Následovalo rozptýlení v raném holocénu přes Malajský poloostrov do Malajského souostroví.^[23] Kolem roku 300 př. n. l. je do vnitrozemí zatlačili Deutero-Malajci, lidé z doby železné nebo doby bronzové, pocházející částečně z Kambodži a Vietnamu z Chamů.První skupina na poloostrově, která používala kovové nástroje, Deutero-Malajci byli přímými předky dnešních malajských Malajců a přinesli s sebou pokročilé zemědělské techniky.^[17] Malajci zůstali politicky roztříštěni po celém malajském souostroví, ačkoli sdíleli společnou kulturu a sociální strukturu.^[24]