Sultanát Perak založil na počátku 16. století na březích řeky Perak Muzaffar Shah I., nejstarší syn Mahmuda Shaha, 8. sultána Malacca.Po zajetí Malacca Portugalci v roce 1511 hledal Muzaffar Shah útočiště v Siak na Sumatře, než nastoupil na trůn v Peraku.Jeho založení sultanátu Perak bylo usnadněno místními vůdci, včetně Tun Saban.Za nového sultanátu se Perakova administrativa stala organizovanější a čerpala z feudálního systému praktikovaného v demokratické Malacca.Jak 16. století postupovalo, Perak se stal základním zdrojem cínové rudy a přitahoval regionální a mezinárodní obchodníky.Vzestup sultanátu však upoutal pozornost mocného sultanátu Aceh , což vedlo k období napětí a interakcí.Během 70. let 16. století Aceh vytrvale obtěžoval části Malajského poloostrova.Koncem 70. let 16. století byl vliv Acehu evidentní, když Perakův sultán Mansur Shah I. záhadně zmizel, což podnítilo spekulace o jeho únosu acehskými silami.To vedlo k zajetí sultánovy rodiny na Sumatru.Výsledkem bylo, že Perak byl krátce pod nadvládou Acehnese, když acehský princ nastoupil na trůn Perak jako sultán Ahmad Tajuddin Shah.Přesto, navzdory vlivu Acehu, Perak zůstal autonomní a odolával kontrole jak Acehnese, tak Siamce.Sevření Acehu v Peraku se začalo snižovat s příchodem holandské Východoindické společnosti (VOC) v polovině 17. století.Aceh a VOC soupeřily o kontrolu nad Perakovým lukrativním obchodem s cínem.V roce 1653 dosáhli kompromisu a podepsali smlouvu, která poskytla Holanďanům exkluzivní práva na Perakův cín.Koncem 17. století, s úpadkem Johorského sultanátu, se Perak ukázal jako poslední dědic malacké linie, ale čelil vnitřním sporům, včetně 40 let dlouhé občanské války v 18. století o příjmy z cínu.Tyto nepokoje vyvrcholily v roce 1747 smlouvou s Nizozemci, která uznala jejich monopol na obchod s cínem.