V březnu 2020, uprostřed politického otřesu, byl Muhyiddin Yassin jmenován osmým malajským premiérem po náhlé rezignaci Mahathira Mohamada.Vedl novou vládu národní koalice Perikatan.Krátce po nástupu do úřadu zasáhla Malajsii pandemie COVID-19, což přimělo Muhyiddina, aby v březnu 2020 prosadil malajský příkaz ke kontrole pohybu (MCO), aby omezil její šíření.V tomto období byl také bývalý premiér Najib Razak v červenci 2020 odsouzen za obvinění z korupce, což je poprvé, kdy malajsijský premiér čelil takovému odsouzení.Rok 2021 přinesl pro Muhyiddinovu administrativu další výzvy.V lednu Yang di-Pertuan Agong vyhlásil národní výjimečný stav, zastavil parlamentní zasedání a volby a umožnil vládě přijímat zákony bez legislativního schválení kvůli pokračující pandemii a politické nestabilitě.Navzdory těmto výzvám vláda v únoru spustila národní program očkování proti COVID-19.V březnu však byly diplomatické vztahy mezi Malajsií a Severní Koreou přerušeny poté, co Nejvyšší soud v Kuala Lumpuru zamítl žádost severokorejského podnikatele o vydání do USA.V srpnu 2021 se politická a zdravotní krize zintenzivnila a Muhyiddin čelil široké kritice za to, jak se vláda vypořádala s pandemií a hospodářským poklesem.To vedlo k tomu, že ztratil většinovou podporu v parlamentu.Následně Muhyiddin odstoupil z funkce předsedy vlády 16. srpna 2021. Po jeho rezignaci byl Yang di-Pertuan Agong jmenován dočasným premiérem, dokud nebude vybrán vhodný nástupce.