Během okupace se zvýšilo etnické napětí a rostl nacionalismus.^[82] Británie zbankrotovala a nová labouristická vláda chtěla stáhnout své síly z východu.Většina Malajců se však více zabývala obranou proti MCP než požadavkem nezávislosti na Britech.V roce 1944 Britové vypracovali plány malajské unie, která by změnila federované a nefederované malajské státy, plus Penang a Malacca (ale ne Singapur ), v jedinou korunní kolonii s výhledem na nezávislost.Tento krok směřující k případné nezávislosti se setkal se značným odporem Malajců, především kvůli navrhovanému rovnému občanství pro etnické Číňany a další menšiny.Britové vnímali tyto skupiny během války jako loajálnější než Malajci.Tato opozice vedla k rozpuštění Malajské unie v roce 1948 a ustoupila Malajské federaci, která udržovala autonomii malajských vládců pod britskou ochranou.Souběžně s těmito politickými změnami nabírala na síle Komunistická strana Malajska (MCP), podporovaná především etnickými Číňany.MCP, původně legální strana, se posunula směrem k partyzánské válce s aspirací na vyhnání Britů z Malajska.V červenci 1948 vyhlásila britská vláda výjimečný stav, což přimělo MCP k ústupu do džungle a vytvoření Malajské lidové osvobozenecké armády.Základní příčiny tohoto konfliktu sahaly od ústavních změn, které marginalizovaly etnické Číňany, až po vysídlení rolníků kvůli rozvoji plantáží.MCP však získal minimální podporu od globálních komunistických mocností.Malajská nouzová situace, která trvala od roku 1948 do roku 1960, byla svědkem toho, že Britové použili proti MCP moderní protipovstaleckou taktiku, kterou navrhl generálporučík Sir Gerald Templer.Zatímco konflikt měl svůj podíl na zvěrstvech, jako byl masakr v Batang Kali, britská strategie izolace MCP od její podpůrné základny, spojená s ekonomickými a politickými ústupky, postupně oslabila povstalce.V polovině 50. let se příliv obrátil proti MCP a připravil půdu pro nezávislost Federace v rámci Commonwealthu dne 31. srpna 1957, s Tunku Abdul Rahmanem jako jeho inauguračním premiérem.