V roce 1511 připadla Malacca Portugalcům a sultán Mahmud Shah byl nucen Malacca uprchnout.Sultán se několikrát pokusil získat zpět hlavní město, ale jeho úsilí bylo neúspěšné.Portugalci se pomstili a donutili sultána uprchnout do Pahangu.Později sultán odplul do Bintanu a založil zde nové hlavní město.Po zřízení základny sultán shromáždil rozvrácené malajské síly a zorganizoval několik útoků a blokád proti portugalské pozici.Johorský sultanát se sídlem v Pekan Tua, Sungai Telur, Johor, založil Raja Ali Ibni Sultan Mahmud Melaka, známý jako sultán Alauddin Riayat Shah II (1528–1564), v roce 1528. ^[53] Ačkoli sultán Alauddin Riayat Shah a jeho nástupce museli čelit útokům Portugalců v Malacca a Acehnese na Sumatře, podařilo se jim udržet si kontrolu nad Johorským sultanátem.Časté nájezdy na Malacca způsobily Portugalcům těžké útrapy a pomohly přesvědčit Portugalce, aby zničili síly exilového sultána.Bylo učiněno několik pokusů potlačit Malajce, ale až v roce 1526 Portugalci konečně srovnali Bintan se zemí.Sultán se poté stáhl do Kamparu na Sumatře a o dva roky později zemřel.Zanechal po sobě dva syny jménem Muzaffar Shah a Alauddin Riayat Shah II.^[53] Muzaffar Shah pokračoval v zakládání Peraku, zatímco Alauddin Riayat Shah se stal prvním sultánem Johoru.^[53]