S pádem portugalské Malacca v roce 1641 a úpadkem Acehu v důsledku rostoucí moci Nizozemců se Johor začal znovu etablovat jako mocnost podél Malackého průlivu za vlády sultána Abdula Jalila Shaha III (1623–1677). ).^[55] Jeho vliv se rozšířil na Pahang, Sungei Ujong, Malacca, Klang a souostroví Riau.^[56] Během trojúhelníkové války se Jambi také objevil jako regionální ekonomická a politická mocnost na Sumatře.Zpočátku došlo k pokusu o spojenectví mezi Johor a Jambi se slíbeným sňatkem mezi dědicem Raja Muda a dcerou Pengerana z Jambi.Radža Muda se však místo toho oženil s dcerou Laksamana Abdula Jamila, který, znepokojený rozmělněním moci z takového spojenectví, místo toho nabídl k sňatku svou vlastní dceru.^[57] Aliance se proto rozpadla a mezi Johorem a Sumatským státem začala v roce 1666 13letá válka. Válka byla pro Johor katastrofální, protože Johorovo hlavní město, Batu Sawar, bylo v roce 1673 vypleněno Jambim. Sultán uprchl do Pahangu a zemřel o čtyři roky později.Jeho nástupce, sultán Ibrahim (1677–1685), pak najal pomoc Bugis v boji o porážku Jambiho.^[56] Johor by nakonec zvítězil v roce 1679, ale také skončil v oslabené pozici, protože Bugis odmítli jít domů a Minangkabaus ze Sumatry také začal prosazovat svůj vliv.^[57]